IEDB Analysis Resource
× Next-Generation Tools site available!
This tool has been integrated into the T Cell, Class I tool on our Next-Generation Tools site. Head on over for a completely redesigned user experience.

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 2 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 60 57 63
ANN 4.0 57 53 62
ARB 24 17 31
Custommune HLA-I 13 13 13
IEDB Consensus 47 45 48
NetMHCcons 80 76 83
NetMHCpan 2.8 74 75 73
NetMHCpan 3.0 82 83 82
NetMHCpan 4.0 BA 70 79 60
NetMHCpan 4.0 EL 53 51 56
NetMHCpan 4.1 BA 77 78 75
NetMHCpan 4.1 EL 44 34 53
PickPocket 22 21 22
SMM 45 42 49
SMMPMBEC 44 40 48
mhcflurry 1.2.0 50 47 53

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB Custommune HLA-I IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1047928   HLA-A*02:01   9   172   149   binary   0.572   0.984   0.566   0.980   0.545   0.963   0.539   0.957   0.564   0.976   0.572   0.985   0.569   0.982   -   -   0.566   0.980   0.569   0.982   0.566   0.980   0.568   0.982   0.568   0.982   0.558   0.974   0.559   0.974   0.558   0.973 
 1048573   HLA-A*01:01   9   70   2   ic50   0.651   1.000   0.650   1.000   0.631   0.985   -0.055   0.566   0.637   0.993   0.663   1.000   0.654   0.993   0.660   1.000   0.642   0.993   0.638   1.000   0.650   1.000   0.588   1.000   0.491   1.000   0.628   0.993   0.635   0.985   0.597   1.000 
 1048573   HLA-A*02:01   9   70   13   ic50   0.714   0.920   0.743   0.934   0.674   0.915   -0.034   0.467   0.744   0.923   0.763   0.934   0.775   0.931   0.754   0.920   0.765   0.915   0.754   0.901   0.760   0.920   0.665   0.856   0.623   0.837   0.705   0.921   0.711   0.919   0.700   0.860 
 1048573   HLA-A*02:02   9   70   6   ic50   0.661   0.945   0.675   0.945   0.506   0.852   0.182   0.794   0.692   0.940   0.686   0.951   0.678   0.956   0.693   0.945   0.685   0.940   0.688   0.932   0.675   0.948   0.625   0.943   0.591   0.852   0.674   0.930   -   -   0.636   0.891 
 1048573   HLA-A*03:01   9   70   45   ic50   0.789   0.924   0.797   0.925   0.761   0.937   0.613   0.770   0.800   0.935   0.819   0.937   0.828   0.940   0.790   0.918   0.792   0.922   0.750   0.924   -   -   0.762   0.934   0.624   0.907   0.790   0.942   0.788   0.941   0.807   0.937 
 1048573   HLA-A*24:02   9   70   11   ic50   0.821   0.851   0.847   0.854   0.751   0.886   0.353   0.695   -   -   -   -   0.824   0.834   0.837   0.860   0.839   0.851   0.832   0.855   0.848   0.860   0.842   0.872   0.801   0.823   0.802   0.844   0.815   0.846   0.815   0.854 
 1048573   HLA-A*29:02   9   17   13   ic50   0.437   0.923   0.282   0.846   0.284   0.942   0.311   0.865   0.297   0.865   0.444   0.962   0.478   1.000   0.468   1.000   0.549   1.000   0.402   1.000   -   -   0.444   1.000   0.358   0.731   0.441   0.981   0.409   0.942   0.466   1.000 
 1048573   HLA-A*30:01   9   17   3   ic50   0.597   0.476   0.705   0.619   0.538   0.429   0.356   0.643   0.452   0.536   0.708   0.643   0.700   0.690   0.769   0.762   0.757   0.714   0.538   0.571   0.806   0.810   0.509   0.571   0.484   0.548   0.548   0.524   0.574   0.548   0.747   0.738 
 1048573   HLA-B*08:01   9   17   3   ic50   0.698   0.762   0.668   0.714   0.627   0.667   0.371   0.619   0.684   0.786   0.703   0.762   0.705   0.762   0.781   0.833   0.794   0.881   0.776   0.857   0.789   0.833   0.439   0.679   0.277   0.476   0.686   0.738   0.634   0.667   0.668   0.714 
 1048573   HLA-B*27:05   9   17   8   ic50   0.874   0.958   0.853   0.958   0.732   0.903   0.546   0.806   0.813   0.951   0.811   0.958   0.788   0.944   0.923   0.958   0.901   0.931   0.226   0.653   0.898   0.944   0.347   0.750   0.340   0.694   0.840   0.944   0.867   0.958   0.915   0.931 
 1048573   HLA-B*58:01   9   17   11   ic50   0.549   0.970   0.500   0.939   0.037   0.712   0.804   0.909   0.518   0.917   0.625   0.985   0.733   1.000   0.711   1.000   0.721   1.000   0.537   0.894   0.762   0.970   0.532   0.879   0.702   0.795   0.581   0.970   0.569   0.970   0.431   0.894