IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 7 7 7
Consensus IEDB method 61 60 62
NN-align 47 43 51
NN-align 2.3 51 50 52
NetMHCIIpan-3.1 65 60 69
NetMHCIIpan-3.2 67 64 69
NetMHCIIpan-4.0 BA 69 67 71
NetMHCIIpan-4.0 EL 49 47 51
NetMHCIIpan-4.1 BA 66 64 69
NetMHCIIpan-4.1 EL 54 52 57
SMM-align 51 54 49
Tepitope (Sturniolo) 42 35 48

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here.

IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1040281   HLA-DPA1*01:03/DPB1*04:01   12   2   binary   -   -   -   -   -   -   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.389   0.800   0.130   0.600   0.389   0.800   0.389   0.800   -   -   -   - 
 1040281   HLA-DRB1*01:01   12   8   binary   0.180   0.609   0.103   0.594   -0.154   0.406   -0.051   0.469   -0.154   0.406   -0.128   0.422   -0.102   0.438   0.051   0.531   -0.102   0.438   0.051   0.531   0.000   0.500   0.103   0.562 
 1040281   HLA-DRB1*03:01   12   2   binary   -   -   0.033   0.750   0.194   0.650   0.000   0.500   0.518   0.900   0.453   0.850   0.389   0.800   0.453   0.850   0.389   0.800   0.518   0.900   0.194   0.650   -0.033   0.525 
 1040281   HLA-DRB1*04:01   12   5   binary   -   -   0.860   1.000   0.759   0.943   0.661   0.886   0.759   0.943   0.857   1.000   0.808   0.971   0.857   1.000   0.857   1.000   0.857   1.000   0.857   1.000   0.861   1.000 
 1040281   HLA-DRB1*07:01   12   8   binary   0.026   0.516   0.359   0.719   0.358   0.719   0.358   0.719   0.615   0.875   0.512   0.812   0.512   0.812   0.512   0.812   0.461   0.781   0.563   0.844   0.307   0.688   0.263   0.750 
 1040281   HLA-DRB1*08:01   12   7   binary   -   -   0.246   0.643   -   -   0.220   0.629   0.808   0.971   0.465   0.771   0.416   0.743   0.563   0.829   0.367   0.714   0.416   0.743   -   -   0.246   0.643 
 1040281   HLA-DRB1*15:01   12   3   binary   -   -   0.754   1.000   0.418   0.778   0.753   1.000   0.418   0.778   0.530   0.852   0.697   0.963   0.753   1.000   0.697   0.963   0.697   0.963   0.698   0.963   0.283   0.722 
 1040281   HLA-DRB3*01:01   12   3   binary   0.028   0.519   0.755   1.000   0.754   1.000   0.753   1.000   0.753   1.000   0.753   1.000   0.753   1.000   0.754   1.000   0.753   1.000   0.753   1.000   0.753   1.000   -   - 
 1040281   HLA-DRB3*02:02   12   9   binary   -   -   -   -   -   -   0.362   0.741   0.697   0.963   0.418   0.778   0.585   0.889   0.586   0.889   0.586   0.889   0.641   0.926   -   -   -   - 
 1040281   HLA-DRB4*01:01   12   3   binary   -0.084   0.444   -0.084   0.444   0.139   0.593   0.362   0.741   0.139   0.593   0.195   0.630   0.195   0.630   -0.251   0.333   0.139   0.593   -0.474   0.185   -0.084   0.444   -   - 
 1040281   HLA-DRB5*01:01   12   8   binary   -   -   0.103   0.594   -0.051   0.469   -0.154   0.406   0.051   0.531   -0.051   0.469   0.000   0.500   0.205   0.625   -0.051   0.469   0.154   0.594   0.410   0.750   0.207   0.656 
 1041296   HLA-DRB1*01:01   14   4   ic50   0.511   0.700   0.880   0.962   0.748   0.950   0.869   1.000   0.766   0.875   0.829   0.925   0.807   0.900   0.689   0.800   0.785   0.875   0.675   0.775   0.812   0.875   0.441   0.825 
 1041296   HLA-DRB1*04:01   14   4   ic50   -   -   0.064   0.500   0.231   0.625   -0.037   0.500   0.240   0.675   0.191   0.675   0.064   0.550   -0.359   0.363   0.095   0.550   -0.143   0.400   0.046   0.500   0.196   0.550 
 1041296   HLA-DRB1*04:05   14   2   ic50   -   -   0.508   0.583   0.741   0.875   0.684   0.833   0.248   0.542   0.248   0.583   0.218   0.500   0.125   0.583   0.262   0.542   0.297   0.708   0.490   0.583   0.442   0.667 
 1041296   HLA-DRB1*07:01   14   6   ic50   0.423   0.625   0.735   0.833   0.829   0.958   0.748   0.875   0.761   0.875   0.834   0.938   0.858   0.958   0.783   0.812   0.827   0.917   0.715   0.792   0.849   0.917   0.660   0.833 
 1041296   HLA-DRB1*08:02   14   4   ic50   -   -   0.644   0.900   0.341   0.750   0.493   0.800   0.728   0.950   0.686   0.900   0.708   0.950   0.598   0.900   0.746   0.975   0.735   0.925   0.381   0.700   0.572   0.800 
 1041296   HLA-DRB1*09:01   14   8   ic50   -0.118   0.500   0.562   0.875   0.453   0.833   0.656   0.958   0.592   0.875   0.614   0.896   0.737   0.958   0.596   0.938   0.748   0.979   0.704   0.979   0.695   0.875   -   - 
 1041296   HLA-DRB1*11:01   14   8   ic50   -   -   0.764   0.875   0.793   0.854   0.837   0.875   0.758   0.875   0.807   0.896   0.807   0.896   0.604   0.688   0.776   0.875   0.670   0.729   0.722   0.792   0.726   0.896 
 1041296   HLA-DRB1*12:01   14   4   ic50   -   -   0.675   0.912   -   -   0.666   0.850   0.600   0.850   0.653   0.850   0.727   0.875   0.481   0.750   0.670   0.875   0.385   0.775   0.600   0.800   -   - 
 1041296   HLA-DRB1*15:01   14   6   ic50   -   -   0.868   0.958   0.662   0.979   0.780   0.938   0.785   1.000   0.815   0.979   0.873   1.000   0.490   0.667   0.864   1.000   0.512   0.667   0.626   0.833   0.861   0.948