IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


Server Overall SRCC AUC
NN-align 78 83 73
NetMHCIIpan-3.1 - - -
Comblib matrices 20 9 30
SMM-align 43 37 49
Tepitope (Sturniolo) 27 31 22
Consensus IEDB method 71 65 78

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here.

IEDB
Reference
Allele Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NN-align NetMHCIIpan-3.1 Comblib matrices SMM-align Tepitope (Sturniolo) Consensus IEDB method
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1039545   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   14   2   ic50   0.775   0.875   -   -   0.336   0.875   0.766   0.917   -   -   0.801   0.917 
 1039545   HLA-DQA1*03:01/DQB1*03:02   14   2   ic50   0.879   1.000   -   -   0.101   0.688   0.826   1.000   -   -   0.852   1.000 
 1039545   HLA-DQA1*05:01/DQB1*02:01   14   2   ic50   0.816   1.000   -   -   0.655   0.938   0.780   0.917   -   -   0.757   1.000 
 1039545   HLA-DRB1*01:01   14   12   ic50   0.612   0.917   -   -   0.331   0.958   0.202   0.667   0.496   1.000   0.645   0.958 
 1039545   HLA-DRB1*04:01   14   4   ic50   0.516   0.850   -   -   -   -   0.231   0.750   0.344   0.713   0.392   0.825 
 1039545   HLA-DRB1*04:05   14   3   ic50   0.714   1.000   -   -   -   -   0.741   0.788   0.782   0.909   0.812   0.909 
 1039545   HLA-DRB1*07:01   14   8   ic50   0.802   1.000   -   -   0.697   1.000   0.692   0.917   0.667   0.885   0.791   1.000 
 1039545   HLA-DRB1*08:02   14   8   ic50   0.301   0.667   -   -   -   -   0.367   0.688   0.417   0.542   0.358   0.583 
 1039545   HLA-DRB1*09:01   14   7   ic50   0.745   0.735   -   -   0.112   0.357   0.257   0.592   -   -   0.682   0.786 
 1039545   HLA-DRB1*11:01   14   11   ic50   0.739   0.939   -   -   -   -   0.691   1.000   0.344   0.758   0.577   0.864 
 1039545   HLA-DRB1*12:01   14   3   ic50   -   -   -   -   -   -   0.664   0.909   -   -   0.785   0.970 
 1039545   HLA-DRB1*13:02   14   3   ic50   0.791   1.000   -   -   -   -   0.693   0.879   0.032   0.500   0.714   0.879 
 1039545   HLA-DRB1*15:01   14   6   ic50   0.710   0.771   -   -   -   -   0.701   0.938   0.391   0.896   0.653   0.938 
 1039545   HLA-DRB3*01:01   14   5   ic50   0.719   0.844   -   -   0.183   0.556   0.587   0.933   -   -   0.711   0.889 
 1039545   HLA-DRB4*01:01   14   2   ic50   0.669   1.000   -   -   0.441   0.500   0.669   0.750   -   -   0.659   0.750 
 1039545   HLA-DRB5*01:01   14   9   ic50   0.741   0.978   -   -   -   -   0.666   0.889   0.710   0.878   0.713   0.933