IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


Server Overall SRCC AUC
NN-align 84 86 82
NetMHCIIpan-3.1 61 61 60
Comblib matrices 10 8 12
SMM-align 33 35 32
Tepitope (Sturniolo) 10 3 17
Consensus IEDB method 68 70 67

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here.

IEDB
Reference
Allele Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NN-align NetMHCIIpan-3.1 Comblib matrices SMM-align Tepitope (Sturniolo) Consensus IEDB method
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1037798   HLA-DRB1*01:01   49   28   ic50   0.740   0.855   0.798   0.896   0.628   0.841   0.672   0.827   0.455   0.738   0.720   0.854 
 1037798   HLA-DRB1*04:01   49   7   ic50   0.620   0.837   0.745   0.918   -   -   0.491   0.793   0.321   0.811   0.602   0.903 
 1037798   HLA-DRB1*04:05   49   10   ic50   0.732   0.877   0.720   0.821   -   -   0.684   0.774   0.564   0.906   0.753   0.899 
 1037798   HLA-DRB1*07:01   49   24   ic50   0.870   0.977   0.718   0.923   0.608   0.876   0.738   0.905   0.347   0.733   0.866   0.975 
 1037798   HLA-DRB1*08:02   49   15   ic50   0.679   0.849   0.807   0.947   -   -   0.312   0.665   0.482   0.771   0.583   0.799 
 1037798   HLA-DRB1*09:01   49   23   ic50   0.571   0.769   0.499   0.717   0.109   0.558   0.387   0.672   -   -   0.552   0.759 
 1037798   HLA-DRB1*11:01   49   15   ic50   0.780   0.984   0.709   0.931   -   -   0.716   0.967   0.517   0.873   0.734   0.976 
 1037798   HLA-DRB1*12:01   49   7   ic50   -   -   0.411   0.915   -   -   0.338   0.850   -   -   0.522   0.942 
 1037798   HLA-DRB1*13:02   49   5   ic50   0.516   0.955   0.480   0.923   -   -   0.548   0.836   0.292   0.636   0.606   0.936 
 1037798   HLA-DRB1*15:01   49   31   ic50   0.791   0.950   0.674   0.921   -   -   0.753   0.955   0.559   0.838   0.736   0.948 
 1037798   HLA-DRB3*01:01   49   16   ic50   0.662   0.888   0.660   0.869   0.186   0.605   0.508   0.812   -   -   0.550   0.843 
 1037798   HLA-DRB3*02:02   49   5   ic50   -   -   0.496   0.736   -   -   -   -   -   -   -   - 
 1037798   HLA-DRB4*01:01   49   11   ic50   0.543   0.821   0.443   0.737   0.093   0.555   0.439   0.852   -   -   0.450   0.798 
 1037798   HLA-DRB5*01:01   49   23   ic50   0.783   0.875   0.838   0.893   -   -   0.721   0.843   0.412   0.754   0.755   0.866