IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 7 7 7
Consensus IEDB method 58 58 58
NN-align 44 40 48
NN-align 2.3 51 52 50
NetMHCIIpan-3.1 66 64 69
NetMHCIIpan-3.2 64 62 66
NetMHCIIpan-4.0 BA 68 67 70
NetMHCIIpan-4.0 EL 47 44 50
NetMHCIIpan-4.1 BA 70 68 72
NetMHCIIpan-4.1 EL 51 50 53
SMM-align 50 53 47
Tepitope (Sturniolo) 39 32 46

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1040281   HLA-DPA1*01:03/DPB1*04:01   12   2   binary   -   -   -   -   -   -   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.389   0.800   0.130   0.600   0.389   0.800   0.389   0.800   -   -   -   - 
 1040281   HLA-DRB1*01:01   12   8   binary   0.180   0.609   0.103   0.594   -0.154   0.406   -0.051   0.469   -0.154   0.406   -0.128   0.422   -0.102   0.438   0.051   0.531   -0.102   0.438   0.051   0.531   0.000   0.500   0.103   0.562 
 1040281   HLA-DRB1*03:01   12   2   binary   -   -   0.033   0.750   0.194   0.650   0.000   0.500   0.518   0.900   0.453   0.850   0.389   0.800   0.453   0.850   0.389   0.800   0.518   0.900   0.194   0.650   -0.033   0.525 
 1040281   HLA-DRB1*04:01   12   5   binary   -   -   0.860   1.000   0.759   0.943   0.661   0.886   0.759   0.943   0.857   1.000   0.808   0.971   0.857   1.000   0.857   1.000   0.857   1.000   0.857   1.000   0.861   1.000 
 1040281   HLA-DRB1*07:01   12   8   binary   0.026   0.516   0.359   0.719   0.358   0.719   0.358   0.719   0.615   0.875   0.512   0.812   0.512   0.812   0.512   0.812   0.461   0.781   0.563   0.844   0.307   0.688   0.263   0.750 
 1040281   HLA-DRB1*08:01   12   7   binary   -   -   0.246   0.643   -   -   0.220   0.629   0.808   0.971   0.465   0.771   0.416   0.743   0.563   0.829   0.367   0.714   0.416   0.743   -   -   0.246   0.643 
 1040281   HLA-DRB1*15:01   12   3   binary   -   -   0.754   1.000   0.418   0.778   0.753   1.000   0.418   0.778   0.530   0.852   0.697   0.963   0.753   1.000   0.697   0.963   0.697   0.963   0.698   0.963   0.283   0.722 
 1040281   HLA-DRB3*01:01   12   3   binary   0.028   0.519   0.755   1.000   0.754   1.000   0.753   1.000   0.753   1.000   0.753   1.000   0.753   1.000   0.754   1.000   0.753   1.000   0.753   1.000   0.753   1.000   -   - 
 1040281   HLA-DRB3*02:02   12   9   binary   -   -   -   -   -   -   0.362   0.741   0.697   0.963   0.418   0.778   0.585   0.889   0.586   0.889   0.586   0.889   0.641   0.926   -   -   -   - 
 1040281   HLA-DRB4*01:01   12   3   binary   -0.084   0.444   -0.084   0.444   0.139   0.593   0.362   0.741   0.139   0.593   0.195   0.630   0.195   0.630   -0.251   0.333   0.139   0.593   -0.474   0.185   -0.084   0.444   -   - 
 1040281   HLA-DRB5*01:01   12   8   binary   -   -   0.103   0.594   -0.051   0.469   -0.154   0.406   0.051   0.531   -0.051   0.469   0.000   0.500   0.205   0.625   -0.051   0.469   0.154   0.594   0.410   0.750   0.207   0.656 
 1041296   HLA-DRB1*01:01   14   4   ic50   0.511   0.700   0.880   0.962   0.748   0.950   0.869   1.000   0.766   0.875   0.829   0.925   0.807   0.900   0.689   0.800   0.785   0.875   0.675   0.775   0.812   0.875   0.441   0.825 
 1041296   HLA-DRB1*04:01   14   4   ic50   -   -   0.064   0.500   0.231   0.625   -0.037   0.500   0.240   0.675   0.191   0.675   0.064   0.550   -0.359   0.363   0.095   0.550   -0.143   0.400   0.046   0.500   0.196   0.550 
 1041296   HLA-DRB1*04:05   14   2   ic50   -   -   0.508   0.583   0.741   0.875   0.684   0.833   0.248   0.542   0.248   0.583   0.218   0.500   0.125   0.583   0.262   0.542   0.297   0.708   0.490   0.583   0.442   0.667 
 1041296   HLA-DRB1*07:01   14   6   ic50   0.423   0.625   0.735   0.833   0.829   0.958   0.748   0.875   0.761   0.875   0.834   0.938   0.858   0.958   0.783   0.812   0.827   0.917   0.715   0.792   0.849   0.917   0.660   0.833 
 1041296   HLA-DRB1*08:02   14   4   ic50   -   -   0.644   0.900   0.341   0.750   0.493   0.800   0.728   0.950   0.686   0.900   0.708   0.950   0.598   0.900   0.746   0.975   0.735   0.925   0.381   0.700   0.572   0.800 
 1041296   HLA-DRB1*09:01   14   8   ic50   -0.118   0.500   0.562   0.875   0.453   0.833   0.656   0.958   0.592   0.875   0.614   0.896   0.737   0.958   0.596   0.938   0.748   0.979   0.704   0.979   0.695   0.875   -   - 
 1041296   HLA-DRB1*11:01   14   8   ic50   -   -   0.764   0.875   0.793   0.854   0.837   0.875   0.758   0.875   0.807   0.896   0.807   0.896   0.604   0.688   0.776   0.875   0.670   0.729   0.722   0.792   0.726   0.896 
 1041296   HLA-DRB1*12:01   14   4   ic50   -   -   0.675   0.912   -   -   0.666   0.850   0.600   0.850   0.653   0.850   0.727   0.875   0.481   0.750   0.670   0.875   0.385   0.775   0.600   0.800   -   - 
 1041296   HLA-DRB1*15:01   14   6   ic50   -   -   0.868   0.958   0.662   0.979   0.780   0.938   0.785   1.000   0.815   0.979   0.873   1.000   0.490   0.667   0.864   1.000   0.512   0.667   0.626   0.833   0.861   0.948 
 1041814   HLA-DRB1*04:01   122   13   ic50   -   -   0.387   0.777   0.383   0.783   0.391   0.745   0.427   0.782   0.435   0.788   0.442   0.821   0.332   0.783   0.446   0.822   0.337   0.771   0.398   0.778   0.346   0.802 
 1041880   HLA-DRB1*03:01   98   55   binary   -   -   0.111   0.567   0.083   0.548   0.068   0.540   0.201   0.617   0.099   0.558   0.136   0.579   0.018   0.511   0.165   0.596   -0.015   0.492   0.076   0.544   0.254   0.649 
 1041880   HLA-DRB1*07:01   98   50   binary   0.253   0.646   0.157   0.594   0.170   0.598   0.172   0.599   0.243   0.640   0.198   0.614   0.176   0.602   -0.008   0.495   0.181   0.605   -0.068   0.461   0.137   0.580   0.128   0.575 
 1041880   HLA-DRB1*09:01   98   53   binary   0.147   0.587   0.141   0.583   0.077   0.545   0.138   0.580   0.136   0.579   0.154   0.589   0.152   0.588   -0.016   0.491   0.145   0.584   -0.109   0.437   0.052   0.531   -   - 
 1041880   HLA-DRB1*15:01   98   53   binary   -   -   0.208   0.622   0.227   0.631   0.200   0.616   0.265   0.654   0.234   0.636   0.281   0.663   0.150   0.588   0.286   0.665   0.141   0.582   0.246   0.643   0.198   0.619 
 1042193   HLA-DRB1*08:03   26   16   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.137   0.581   0.053   0.531   0.126   0.575   0.464   0.775   0.137   0.581   0.517   0.806   -   -   -   - 
 1042193   HLA-DRB1*11:01   26   18   binary   -   -   0.545   0.840   0.322   0.701   0.622   0.889   0.622   0.889   0.578   0.861   0.578   0.861   0.489   0.806   0.589   0.868   0.500   0.812   0.444   0.778   0.334   0.708