IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NN-align 66 67 66
NetMHCIIpan-3.1 56 58 54
Comblib matrices 14 11 16
SMM-align 49 46 53
Tepitope (Sturniolo) 39 40 37
Consensus IEDB method 66 62 71

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NN-align NetMHCIIpan-3.1 Comblib matrices SMM-align Tepitope (Sturniolo) Consensus IEDB method
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1038478   HLA-DRB1*15:01   19   16   binary   0.369   0.792   0.553   0.938   -   -   0.237   0.688   -0.106   0.417   0.132   0.604 
 1038237   HLA-DRB1*01:01   18   3   ic50   0.350   0.756   0.401   0.800   -0.011   0.633   0.463   0.867   0.588   0.867   0.382   0.811 
 1038237   HLA-DRB1*04:01   18   8   ic50   0.245   0.713   0.197   0.625   -   -   0.358   0.725   0.293   0.738   0.366   0.762 
 1038237   HLA-DRB1*04:05   18   6   ic50   0.587   0.778   0.509   0.764   -   -   0.643   0.861   0.311   0.736   0.595   0.819 
 1038237   HLA-DRB1*07:01   18   6   ic50   0.534   0.889   0.655   0.889   0.750   0.861   0.680   0.903   0.541   0.875   0.649   0.854 
 1038237   HLA-DRB1*08:02   18   2   ic50   0.238   0.875   0.366   0.969   -   -   0.278   0.938   0.211   0.906   0.300   0.922 
 1038237   HLA-DRB1*09:01   18   4   ic50   0.581   1.000   0.534   0.964   -0.367   0.384   0.461   0.964   -   -   0.540   0.946 
 1038237   HLA-DRB1*15:01   18   8   ic50   0.461   0.812   0.470   0.825   -   -   0.738   0.900   0.551   0.800   0.700   0.887 
 1038237   HLA-DRB3*01:01   18   3   ic50   0.755   0.956   0.834   0.889   -0.024   0.578   0.888   1.000   -   -   0.789   0.989 
 1038237   HLA-DRB4*01:01   18   4   ic50   0.574   0.964   0.555   0.857   0.246   0.804   0.539   0.875   -   -   0.465   0.929 
 1038973   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   30   25   binary   0.532   0.912   0.481   0.872   0.347   0.768   0.439   0.840   -   -   0.444   0.844 
 1038973   HLA-DRB1*04:01   180   90   binary   0.347   0.701   0.275   0.659   -   -   0.235   0.636   0.238   0.639   0.304   0.677 
 1039545   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   14   2   ic50   0.775   0.875   -   -   0.336   0.875   0.766   0.917   -   -   0.801   0.917 
 1039545   HLA-DQA1*03:01/DQB1*03:02   14   2   ic50   0.879   1.000   -   -   0.101   0.688   0.826   1.000   -   -   0.852   1.000 
 1039545   HLA-DQA1*05:01/DQB1*02:01   14   2   ic50   0.816   1.000   -   -   0.655   0.938   0.780   0.917   -   -   0.757   1.000 
 1039545   HLA-DRB1*01:01   14   12   ic50   0.612   0.917   -   -   0.331   0.958   0.202   0.667   0.496   1.000   0.645   0.958 
 1039545   HLA-DRB1*04:01   14   4   ic50   0.516   0.850   -   -   -   -   0.231   0.750   0.344   0.713   0.392   0.825 
 1039545   HLA-DRB1*04:05   14   3   ic50   0.714   1.000   -   -   -   -   0.741   0.788   0.782   0.909   0.812   0.909 
 1039545   HLA-DRB1*07:01   14   8   ic50   0.802   1.000   -   -   0.697   1.000   0.692   0.917   0.667   0.885   0.791   1.000 
 1039545   HLA-DRB1*08:02   14   8   ic50   0.301   0.667   -   -   -   -   0.367   0.688   0.417   0.542   0.358   0.583 
 1039545   HLA-DRB1*09:01   14   7   ic50   0.745   0.735   -   -   0.112   0.357   0.257   0.592   -   -   0.682   0.786 
 1039545   HLA-DRB1*11:01   14   11   ic50   0.739   0.939   -   -   -   -   0.691   1.000   0.344   0.758   0.577   0.864 
 1039545   HLA-DRB1*12:01   14   3   ic50   -   -   -   -   -   -   0.664   0.909   -   -   0.785   0.970 
 1039545   HLA-DRB1*13:02   14   3   ic50   0.791   1.000   -   -   -   -   0.693   0.879   0.032   0.500   0.714   0.879 
 1039545   HLA-DRB1*15:01   14   6   ic50   0.710   0.771   -   -   -   -   0.701   0.938   0.391   0.896   0.653   0.938 
 1039545   HLA-DRB3*01:01   14   5   ic50   0.719   0.844   -   -   0.183   0.556   0.587   0.933   -   -   0.711   0.889 
 1039545   HLA-DRB4*01:01   14   2   ic50   0.669   1.000   -   -   0.441   0.500   0.669   0.750   -   -   0.659   0.750 
 1039545   HLA-DRB5*01:01   14   9   ic50   0.741   0.978   -   -   -   -   0.666   0.889   0.710   0.878   0.713   0.933 
 1039423   HLA-DRB1*01:01   43   28   ic50   0.711   0.821   -   -   0.232   0.595   0.570   0.695   0.425   0.668   0.656   0.781 
 1039423   HLA-DRB1*04:01   43   4   ic50   0.365   0.917   -   -   -   -   0.480   0.846   0.436   0.792   0.457   0.885 
 1039423   HLA-DRB1*07:01   43   9   ic50   0.441   0.781   -   -   0.228   0.699   0.344   0.709   0.562   0.828   0.434   0.797 
 1039423   HLA-DRB1*08:01   43   2   ic50   -   -   -   -   -   -   -   -   0.405   0.817   0.400   0.817 
 1039423   HLA-DRB1*11:01   43   9   ic50   0.371   0.660   -   -   -   -   0.326   0.683   0.488   0.773   0.477   0.763 
 1039423   HLA-DRB1*15:01   43   14   ic50   0.640   0.803   -   -   -   -   0.523   0.739   0.578   0.837   0.678   0.840