IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 2 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 13 13 13
Consensus IEDB method 73 73 73
NN-align 58 58 58
NN-align 2.3 - - -
NetMHCIIpan-3.1 100 100 100
NetMHCIIpan-3.2 - - -
NetMHCIIpan-4.0 BA - - -
NetMHCIIpan-4.0 EL - - -
NetMHCIIpan-4.1 BA - - -
NetMHCIIpan-4.1 EL - - -
NetMHCIIpan-4.2 BA - - -
NetMHCIIpan-4.2 EL - - -
NetMHCIIpan-4.3 BA - - -
NetMHCIIpan-4.3 EL - - -
SMM-align 52 52 52
Tepitope (Sturniolo) 22 22 22

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1037883   HLA-DRB1*01:01   62   34   binary   0.302   0.678   0.396   0.733   0.503   0.792   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.251   0.646   0.364   0.713 
 1037883   HLA-DRB1*04:01   62   32   binary   -   -   0.501   0.789   0.422   0.744   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.514   0.797   0.426   0.748 
 1037883   HLA-DRB1*07:01   62   27   binary   0.414   0.741   0.678   0.895   0.606   0.853   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.637   0.871   0.536   0.815 
 1037883   HLA-DRB1*15:01   62   22   binary   -   -   0.590   0.868   0.590   0.856   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.501   0.802   0.408   0.753 
 1038478   HLA-DRB1*15:01   19   16   binary   -   -   0.132   0.604   0.369   0.792   -   -   0.553   0.938   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.237   0.688   -0.106   0.417