IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NN-align 78 68 87
NetMHCIIpan-3.1 60 57 63
Comblib matrices 21 26 17
SMM-align 54 58 50
Tepitope (Sturniolo) 27 20 33
Consensus IEDB method 60 55 66

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NN-align NetMHCIIpan-3.1 Comblib matrices SMM-align Tepitope (Sturniolo) Consensus IEDB method
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1035907   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   30   9   binary   0.719   0.952   0.651   0.910   0.391   0.762   0.550   0.847   -   -   0.593   0.873 
 1036372   HLA-DRB1*03:01   42   2   binary   0.263   0.912   0.291   0.894   -   -   0.254   0.894   0.065   0.769   0.180   0.838 
 1036417   HLA-DRB1*01:01   14   5   ic50   0.832   1.000   0.872   1.000   0.506   0.800   0.779   1.000   0.518   0.811   0.820   1.000 
 1036417   HLA-DRB1*04:01   14   4   ic50   0.466   0.650   0.717   0.825   -   -   0.709   0.750   0.689   0.738   0.650   0.725 
 1036417   HLA-DRB1*04:04   14   4   ic50   0.860   1.000   0.838   0.950   -   -   0.771   0.900   0.770   0.812   0.829   0.950 
 1036417   HLA-DRB1*04:05   14   2   ic50   0.660   0.708   0.647   0.667   -   -   0.650   0.625   0.555   0.542   0.625   0.667 
 1036417   HLA-DRB1*07:01   14   4   ic50   0.759   0.950   0.698   0.850   0.671   0.725   0.810   0.950   0.676   0.775   0.808   0.875 
 1036417   HLA-DRB1*08:02   14   2   ic50   0.173   0.792   0.164   0.750   -   -   0.176   0.583   -0.181   0.667   -0.084   0.667 
 1036417   HLA-DRB1*09:01   14   4   ic50   0.581   0.875   0.492   0.750   0.108   0.700   0.638   0.750   -   -   0.663   0.800 
 1036417   HLA-DRB1*10:01   14   4   ic50   -   -   0.582   0.825   -   -   -   -   -   -   -   - 
 1036417   HLA-DRB1*11:01   14   3   ic50   0.602   1.000   0.371   0.939   -   -   0.634   0.970   0.551   0.788   0.582   1.000 
 1036417   HLA-DRB1*15:01   14   5   ic50   0.757   1.000   0.554   0.778   -   -   0.435   0.622   0.553   0.778   0.579   0.778 
 1036417   HLA-DRB3*02:02   14   2   ic50   -   -   0.530   0.708   -   -   -   -   -   -   -   - 
 1036417   HLA-DRB4*01:01   14   4   ic50   0.638   0.850   0.638   0.850   -0.084   0.625   0.400   0.650   -   -   0.466   0.800 
 1036417   HLA-DRB5*01:01   14   4   ic50   0.590   0.700   0.546   0.675   -   -   0.695   0.800   0.341   0.600   0.645   0.850 
 1036489   HLA-DRB1*01:01   10   2   ic50   0.601   1.000   0.683   0.938   0.836   0.938   0.696   1.000   0.840   1.000   0.733   0.938 
 1036489   HLA-DRB1*15:02   10   2   ic50   -   -   0.701   1.000   -   -   -   -   0.685   1.000   0.688   1.000 
 1036884   HLA-DRB1*01:01   65   2   binary   -0.014   0.476   -0.005   0.492   -0.123   0.294   -0.024   0.460   0.005   0.647   -0.090   0.349 
 1036884   HLA-DRB1*04:01   65   9   binary   -0.078   0.435   -0.038   0.468   -   -   -0.040   0.466   -0.076   0.467   -0.066   0.474 
 1036884   HLA-DRB1*04:02   65   3   binary   -   -   -0.039   0.446   -   -   -   -   0.006   0.548   -0.004   0.540 
 1036884   HLA-DRB1*04:04   65   6   binary   0.071   0.571   -0.051   0.449   -   -   -0.008   0.492   0.098   0.624   0.067   0.606 
 1036884   HLA-DRB1*07:01   65   3   binary   0.113   0.656   -0.055   0.425   0.143   0.726   0.039   0.554   0.016   0.618   0.113   0.763