IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NN-align 72 69 75
NetMHCIIpan-3.1 84 83 86
Comblib matrices 6 8 5
SMM-align 46 48 44
Tepitope (Sturniolo) 17 18 16
Consensus IEDB method 50 47 52

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

IEDB
Reference
Allele Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NN-align NetMHCIIpan-3.1 Comblib matrices SMM-align Tepitope (Sturniolo) Consensus IEDB method
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1030414   HLA-DQA1*01:03/DQB1*06:03   18   2   ic50   -   -   0.020   0.875   -   -   -   -   -   -   -   - 
 1030414   HLA-DQA1*03:01/DQB1*03:02   18   4   ic50   0.622   0.964   0.550   0.982   0.423   0.830   0.722   0.946   -   -   0.702   0.991 
 1030414   HLA-DRB1*01:01   18   13   ic50   0.691   0.862   0.629   0.785   0.062   0.400   0.577   0.738   0.302   0.715   0.577   0.738 
 1030414   HLA-DRB1*04:01   18   6   ic50   0.227   0.722   0.405   0.889   -   -   0.067   0.625   -0.266   0.542   0.136   0.681 
 1030414   HLA-DRB1*07:01   18   10   ic50   0.734   0.825   0.690   0.825   0.262   0.731   0.730   0.838   0.482   0.775   0.796   0.931 
 1030414   HLA-DRB1*09:01   18   4   ic50   0.341   1.000   0.518   0.946   -0.145   0.339   0.461   0.911   -   -   0.353   1.000 
 1030414   HLA-DRB1*11:01   17   3   ic50   0.543   0.929   0.647   1.000   -   -   0.633   1.000   0.581   0.786   0.561   0.869 
 1030414   HLA-DRB1*15:01   18   4   ic50   0.515   0.821   0.459   0.804   -   -   0.429   0.732   0.258   0.554   0.443   0.714 
 1030414   HLA-DRB1*15:02   18   3   ic50   -   -   0.409   0.667   -   -   -   -   0.387   0.556   0.384   0.556 
 1030865   HLA-DRB1*01:01   14   5   ic50   0.468   0.822   0.534   0.911   0.180   0.556   0.077   0.522   -0.062   0.589   0.512   0.822 
 1030032   HLA-DRB1*01:01   108   68   ic50   0.472   0.749   0.628   0.818   -0.239   0.416   0.222   0.594   -0.035   0.471   0.192   0.577 
 1030032   HLA-DRB1*03:01   124   104   ic50   0.316   0.697   0.338   0.744   -   -   -0.097   0.613   0.235   0.565   0.258   0.640 
 1030032   HLA-DRB1*04:01   132   109   ic50   0.413   0.803   0.549   0.830   -   -   0.209   0.590   0.041   0.444   0.206   0.603 
 1030032   HLA-DRB1*07:01   148   127   ic50   0.610   0.730   0.684   0.778   0.011   0.433   0.313   0.633   -0.368   0.158   0.380   0.550 
 1030032   HLA-DRB1*08:02   142   120   ic50   0.320   0.705   0.439   0.736   -   -   0.188   0.385   -0.411   0.279   -0.154   0.315 
 1030032   HLA-DRB1*11:01   121   108   ic50   0.688   0.931   0.657   0.945   -   -   0.516   0.866   -0.183   0.154   0.096   0.292 
 1030032   HLA-DRB1*13:02   134   127   ic50   0.606   0.910   0.620   0.903   -   -   0.422   0.756   -0.281   0.280   0.527   0.765 
 1030032   HLA-DRB1*15:01   120   75   ic50   0.586   0.757   0.541   0.770   -   -   0.009   0.471   -0.392   0.257   -0.101   0.385 
 1031120   HLA-DRB1*03:01   27   9   binary   -0.066   0.463   -0.025   0.488   -   -   -0.126   0.432   0.086   0.562   -0.005   0.500 
 1031250   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   10   2   ic50   0.273   0.812   0.224   0.812   -0.236   0.250   0.382   1.000   -   -   0.224   0.750