IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 44 42 45
ANN 4.0 61 62 59
ARB 11 6 15
DeepSeqPa - - -
IEDB Consensus 47 53 41
NetMHCcons 72 70 74
NetMHCpan 2.8 62 62 62
NetMHCpan 3.0 84 83 85
NetMHCpan 4.0 86 91 80
NetMHCpan 4.1 - - -
PickPocket 28 29 27
SMM 43 42 44
SMMPMBEC 38 33 42
mhcflurry 1.2.0 47 45 49

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here.

IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB DeepSeqPa IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 NetMHCpan 4.1 PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1039793   HLA-A*02:01   9   26   17   binary   0.481   0.791   0.534   0.824   0.404   0.745   -   -   0.416   0.755   0.523   0.817   0.534   0.824   0.566   0.843   0.550   0.833   -   -   0.361   0.719   0.404   0.745   0.415   0.752   0.437   0.765 
 1039793   HLA-A*02:03   9   20   15   binary   0.542   0.860   0.531   0.853   0.110   0.573   -   -   0.421   0.780   0.551   0.867   0.531   0.853   0.551   0.867   0.601   0.900   -   -   0.471   0.813   0.431   0.787   0.431   0.787   0.411   0.773 
 1039793   HLA-A*02:06   9   17   10   binary   0.122   0.571   0.390   0.729   0.146   0.586   -   -   0.195   0.614   0.268   0.657   0.268   0.657   0.317   0.686   0.317   0.686   -   -   0.146   0.586   0.171   0.600   0.220   0.629   0.342   0.700 
 1039793   HLA-A*11:01   9   29   22   binary   0.414   0.779   0.443   0.799   0.347   0.734   -   -   0.448   0.802   0.453   0.805   0.472   0.818   0.482   0.825   0.482   0.825   -   -   0.453   0.805   0.433   0.792   0.433   0.792   0.501   0.838 
 1039793   HLA-A*24:02   10   13   7   binary   0.660   0.881   0.660   0.881   0.495   0.786   -   -   0.743   0.929   0.701   0.905   0.619   0.857   0.784   0.952   0.742   0.929   -   -   0.640   0.869   0.660   0.881   0.577   0.833   0.536   0.810 
 1039793   HLA-A*33:03   9   21   16   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.037   0.525   0.037   0.525   0.037   0.525   0.129   0.587   -   -   0.102   0.569   -   -   -   -   -   - 
 1039752   HLA-A*03:01   9   24   16   ic50   0.236   0.641   0.196   0.586   0.351   0.672   -   -   -   -   0.251   0.648   0.217   0.625   0.272   0.594   0.262   0.625   -   -   -0.056   0.500   0.083   0.395   0.085   0.406   0.222   0.539 
 1039752   HLA-B*27:05   9   25   21   ic50   0.411   0.851   0.316   0.690   0.054   0.750   -   -   0.481   0.690   0.445   0.869   0.438   0.810   0.359   0.726   0.486   0.702   -   -   0.071   0.548   0.458   0.869   0.394   0.917   0.217   0.714