IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 55 55 55
NetMHCpan 3.0 66 64 68
NetMHCpan 4.0 82 82 82
SMM 55 55 55
ANN 3.4 47 48 46
ANN 4.0 47 47 47
ARB 45 45 45
SMMPMBEC 57 57 58
IEDB Consensus 53 52 53
NetMHCcons 51 51 51
PickPocket 62 62 62
mhcflurry 1.2.0 73 73 73
DeepSeqPa - - -
MultiPan - - -

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here.

IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa MultiPan
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1039262   HLA-A*02:01   9   11   8   binary   0.065   0.542   0.065   0.542   0.129   0.583   0.065   0.542   0.194   0.625   0.129   0.583   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.129   0.583   -   -   -   - 
 1039262   HLA-B*08:01   9   11   2   binary   0.671   1.000   0.671   1.000   0.671   1.000   0.596   0.944   0.671   1.000   0.596   0.944   0.522   0.889   0.671   1.000   0.522   0.889   0.671   1.000   0.447   0.833   -   -   -   -   -   - 
 1039262   HLA-B*15:01   9   11   7   binary   0.299   0.679   0.418   0.750   0.478   0.786   0.478   0.786   0.418   0.750   0.418   0.750   0.478   0.786   0.598   0.857   0.538   0.821   0.299   0.679   0.539   0.821   0.478   0.786   -   -   -   - 
 1039262   HLA-B*35:01   9   14   11   binary   0.022   0.515   0.410   0.788   0.453   0.818   0.238   0.667   0.151   0.606   0.194   0.636   0.497   0.848   0.238   0.667   0.238   0.667   0.151   0.606   0.584   0.909   -   -   -   -   -   - 
 1039262   HLA-B*39:01   9   10   4   binary   0.853   1.000   0.853   1.000   0.853   1.000   0.569   0.833   0.213   0.625   0.284   0.667   0.071   0.542   0.569   0.833   0.497   0.792   0.569   0.833   0.711   0.917   -   -   -   -   -   - 
 1039262   HLA-B*52:01   9   12   3   binary   -0.139   0.407   0.307   0.704   0.362   0.741   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.139   0.407   0.307   0.704   -   -   -   -   -   - 
 1039262   HLA-C*07:01   9   16   5   binary   0.483   0.800   0.395   0.745   0.219   0.636   0.483   0.800   0.219   0.636   0.453   0.782   -   -   0.190   0.618   0.483   0.800   0.424   0.764   0.687   0.927   -   -   -   -   -   - 
 1039330   HLA-A*02:01   9   28   2   binary   0.343   0.885   0.343   0.885   0.378   0.923   0.258   0.788   0.378   0.923   0.378   0.923   0.309   0.846   0.275   0.808   0.275   0.808   0.378   0.923   0.206   0.731   -   -   -   -   -   -