IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 52 53 51
NetMHCpan 3.0 56 58 55
NetMHCpan 4.0 58 55 62
SMM 42 44 39
ANN 3.4 62 68 57
ANN 4.0 57 61 53
ARB 37 27 46
SMMPMBEC 35 36 33
IEDB Consensus 33 32 33
NetMHCcons 63 68 58
PickPocket 24 3 44
mhcflurry 1.2.0 95 99 91

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1024516   HLA-A*02:01   9   51   45   ic50   0.666   0.633   0.649   0.626   0.667   0.630   0.691   0.641   0.673   0.639   0.674   0.633   0.658   0.648   0.677   0.630   0.615   0.572   0.672   0.633   0.591   0.659   0.753   0.711 
 1024516   HLA-A*02:01   10   32   28   ic50   0.537   0.696   0.530   0.616   0.525   0.616   0.537   0.670   0.545   0.688   0.529   0.643   0.532   0.643   0.523   0.621   0.543   0.674   0.555   0.692   0.439   0.661   0.753   0.848 
 1024516   HLA-A*02:02   9   51   44   ic50   0.599   0.721   0.601   0.776   0.623   0.789   0.552   0.687   0.653   0.739   0.601   0.718   0.511   0.756   0.566   0.727   0.563   0.680   0.632   0.747   0.504   0.700   0.862   0.925 
 1024516   HLA-A*02:03   9   51   42   ic50   0.565   0.720   0.564   0.746   0.566   0.741   0.528   0.683   0.539   0.684   0.534   0.675   0.536   0.728   0.541   0.693   0.422   0.665   0.562   0.709   0.475   0.772   0.625   0.717 
 1024516   HLA-A*02:03   10   32   25   ic50   0.308   0.760   0.360   0.771   0.357   0.771   0.310   0.720   0.378   0.794   0.399   0.777   0.361   0.731   0.303   0.703   0.304   0.720   0.376   0.806   0.162   0.714   0.725   0.920 
 1024516   HLA-A*02:06   9   51   34   ic50   0.718   0.825   0.718   0.829   0.705   0.827   0.682   0.787   0.709   0.813   0.712   0.824   0.663   0.777   0.679   0.787   0.681   0.785   0.733   0.830   0.545   0.760   0.874   0.924 
 1024516   HLA-A*02:06   10   32   10   ic50   0.605   0.850   0.583   0.882   0.567   0.864   0.576   0.841   0.568   0.823   0.501   0.877   0.534   0.850   0.592   0.850   0.574   0.850   0.596   0.836   0.463   0.764   0.822   0.909 
 1024516   HLA-A*68:02   9   51   15   ic50   0.566   0.839   0.584   0.850   0.579   0.856   0.562   0.831   0.586   0.857   0.595   0.863   0.473   0.800   0.552   0.826   0.559   0.838   0.576   0.852   0.537   0.863   0.604   0.856 
 1024516   HLA-A*68:02   10   32   6   ic50   0.275   0.705   0.414   0.763   0.471   0.808   0.413   0.821   0.467   0.814   0.515   0.776   0.374   0.782   0.361   0.808   0.424   0.827   0.355   0.763   0.310   0.776   0.482   0.821