IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 59 60 59
NetMHCpan 3.0 59 60 59
NetMHCpan 4.0 61 61 62
SMM 39 38 41
ANN 3.4 50 50 50
ANN 4.0 67 68 67
ARB 18 19 18
SMMPMBEC 40 39 41
IEDB Consensus 57 52 62
NetMHCcons 63 58 68
PickPocket 46 45 48
mhcflurry 1.2.0 85 86 83

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1026371   HLA-A*02:01   9   85   49   t1/2   0.559   0.812   0.569   0.811   0.565   0.811   0.557   0.811   0.576   0.819   0.574   0.814   0.563   0.811   0.557   0.812   0.521   0.802   0.571   0.819   0.540   0.794   0.599   0.816 
 1026371   HLA-A*02:01   10   22   12   t1/2   0.152   0.567   0.122   0.542   0.142   0.558   0.144   0.558   0.191   0.583   0.064   0.517   0.106   0.533   0.110   0.550   0.127   0.567   0.147   0.558   0.074   0.558   0.165   0.583 
 1026371   HLA-B*07:02   9   43   17   t1/2   0.858   0.952   0.864   0.973   0.875   0.975   0.790   0.959   0.839   0.964   0.825   0.943   0.529   0.783   0.806   0.959   0.792   0.962   0.840   0.950   0.650   0.879   0.845   0.959 
 1026371   HLA-B*07:02   10   25   9   t1/2   0.663   0.785   0.623   0.771   0.598   0.771   0.577   0.729   0.583   0.736   0.708   0.819   0.568   0.715   0.608   0.729   0.596   0.736   0.622   0.757   0.594   0.729   0.666   0.778 
 1026840   HLA-A*02:01   9   357   76   binary   0.576   0.906   0.574   0.905   0.573   0.904   0.568   0.900   0.547   0.886   0.575   0.906   0.564   0.898   0.567   0.900   0.582   0.914   0.571   0.907   0.553   0.890   0.580   0.909 
 1026840   HLA-A*24:02   9   357   49   binary   0.444   0.873   0.434   0.864   0.441   0.870   0.405   0.839   0.438   0.868   0.431   0.861   0.404   0.836   0.401   0.837   0.421   0.859   0.444   0.880   0.409   0.846   0.428   0.859 
 1026840   HLA-A*30:01   9   349   8   binary   0.160   0.809   0.157   0.802   0.170   0.828   0.151   0.791   0.141   0.771   0.169   0.825   0.108   0.708   0.147   0.824   0.122   0.786   0.152   0.816   0.127   0.765   0.214   0.912 
 1026840   HLA-A*30:02   9   360   109   binary   0.425   0.767   0.447   0.781   0.450   0.783   0.361   0.728   0.403   0.753   0.396   0.749   0.249   0.661   0.346   0.718   0.399   0.753   0.435   0.775   0.403   0.756   0.518   0.826 
 1026840   HLA-A*68:01   9   436   43   binary   0.385   0.873   0.368   0.856   0.365   0.853   0.374   0.863   0.383   0.871   0.399   0.886   0.336   0.791   0.390   0.878   0.388   0.883   0.387   0.884   0.396   0.889   0.390   0.877 
 1026840   HLA-B*07:02   9   296   25   binary   0.375   0.889   0.373   0.887   0.379   0.893   0.387   0.903   0.385   0.899   0.382   0.897   0.366   0.880   0.388   0.902   0.377   0.908   0.381   0.910   0.364   0.888   0.402   0.917 
 1026840   HLA-B*58:01   9   437   46   binary   0.385   0.862   0.409   0.885   0.413   0.888   0.400   0.879   0.380   0.857   0.396   0.872   0.361   0.840   0.408   0.884   0.415   0.897   0.387   0.872   0.391   0.868   0.477   0.949 
 1026840   HLA-C*07:01   9   439   31   binary   0.248   0.780   0.259   0.795   0.256   0.788   0.134   0.654   0.229   0.758   0.270   0.804   -   -   0.129   0.648   0.223   0.761   0.246   0.788   0.194   0.725   -   - 
 1026891   HLA-A*11:01   9   22   19   binary   0.094   0.579   0.136   0.614   0.115   0.596   0.115   0.596   0.136   0.614   0.136   0.614   -0.115   0.404   0.115   0.596   0.115   0.596   0.115   0.596   0.198   0.667   0.136   0.614 
 1026891   HLA-A*24:02   9   21   16   binary   0.129   0.587   0.166   0.613   0.185   0.625   0.000   0.500   0.037   0.525   0.148   0.600   0.000   0.500   -0.018   0.488   0.019   0.538   0.055   0.538   0.176   0.625   0.074   0.550 
 1026891   HLA-B*40:01   9   20   9   binary   0.671   0.889   0.584   0.838   0.706   0.909   0.532   0.808   0.619   0.859   0.654   0.879   0.566   0.828   0.601   0.848   0.541   0.813   0.619   0.859   0.671   0.889   0.706   0.909 
 1026891   HLA-B*58:01   9   20   12   binary   0.637   0.875   0.602   0.854   0.637   0.875   0.442   0.760   0.638   0.875   0.496   0.792   0.584   0.844   0.442   0.760   0.438   0.766   0.619   0.865   0.531   0.812   0.832   0.990 
 1026891   HLA-C*03:04   9   20   11   binary   0.706   0.909   0.584   0.838   0.566   0.828   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.706   0.909   0.532   0.808   -   - 
 1026891   HLA-C*07:02   9   20   7   binary   0.245   0.648   0.445   0.769   0.373   0.725   0.391   0.736   0.409   0.747   0.445   0.769   -   -   0.300   0.681   0.409   0.747   0.318   0.692   0.264   0.659   0.355   0.714 
 1026891   HLA-C*08:01   9   20   12   binary   0.566   0.833   0.336   0.698   0.230   0.635   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.566   0.833   0.567   0.833   -   - 
 1026897   HLA-B*40:01   9   18   5   binary   0.466   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   0.562   0.862   0.466   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   0.514   0.831   0.490   0.815   0.467   0.800   0.505   0.900   0.562   0.862 
 1026897   HLA-B*40:01   10   12   2   binary   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.722   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.649   1.000   0.722   1.000   0.648   1.000 
 1026897   HLA-B*55:02   9   11   3   binary   0.645   0.917   0.775   1.000   0.775   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.645   0.917   0.616   0.896   -   - 
 1026897   HLA-B*58:01   9   25   5   binary   0.485   0.850   0.471   0.840   0.444   0.820   0.541   0.890   0.485   0.850   0.499   0.860   0.416   0.800   0.527   0.880   0.527   0.880   0.471   0.840   0.472   0.840   0.485   0.850 
 1026897   HLA-B*58:01   10   18   3   binary   0.330   0.756   0.158   0.622   0.187   0.644   0.101   0.578   0.129   0.600   0.359   0.778   0.537   0.889   0.129   0.600   0.158   0.622   0.244   0.689   0.217   0.667   0.388   0.800 
 1026941   HLA-A*02:01   9   10   6   binary   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.782   0.958   0.853   1.000   0.853   1.000   0.711   0.917   0.711   0.917   0.751   0.958   0.711   0.917   0.853   1.000   0.853   1.000