IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 60 61 60
NetMHCpan 3.0 59 60 59
NetMHCpan 4.0 61 61 62
SMM 40 39 41
ANN 3.4 48 48 49
ANN 4.0 69 70 69
ARB 21 21 20
SMMPMBEC 41 40 43
IEDB Consensus 58 53 63
NetMHCcons 63 58 69
PickPocket 42 41 42
mhcflurry 1.2.0 85 87 84
DeepSeqPa - - -

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here.

IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1026371   HLA-A*02:01   9   85   49   t1/2   0.559   0.812   0.569   0.811   0.565   0.811   0.557   0.811   0.576   0.819   0.574   0.814   0.563   0.811   0.557   0.812   0.521   0.802   0.571   0.819   0.540   0.794   0.599   0.816   -   - 
 1026371   HLA-A*02:01   10   22   12   t1/2   0.152   0.567   0.122   0.542   0.142   0.558   0.144   0.558   0.191   0.583   0.064   0.517   0.106   0.533   0.110   0.550   0.127   0.567   0.147   0.558   0.074   0.558   0.165   0.583   -   - 
 1026371   HLA-B*07:02   9   43   17   t1/2   0.858   0.952   0.864   0.973   0.875   0.975   0.790   0.959   0.839   0.964   0.825   0.943   0.529   0.783   0.806   0.959   0.792   0.962   0.840   0.950   0.650   0.879   0.845   0.959   -   - 
 1026371   HLA-B*07:02   10   25   9   t1/2   0.663   0.785   0.623   0.771   0.598   0.771   0.577   0.729   0.583   0.736   0.708   0.819   0.568   0.715   0.608   0.729   0.596   0.736   0.622   0.757   0.594   0.729   0.666   0.778   -   - 
 1026840   HLA-A*02:01   9   357   76   binary   0.576   0.906   0.574   0.905   0.573   0.904   0.568   0.900   0.547   0.886   0.575   0.906   0.564   0.898   0.567   0.900   0.582   0.914   0.571   0.907   0.553   0.890   0.580   0.909   -   - 
 1026840   HLA-A*02:01   9   24   14   ic50   0.340   0.671   0.375   0.664   0.351   0.657   0.327   0.636   0.265   0.593   0.330   0.636   0.402   0.693   0.287   0.614   0.187   0.561   0.321   0.650   0.381   0.679   0.467   0.714   -   - 
 1026840   HLA-A*02:01   9   24   7   t1/2   0.439   0.739   0.479   0.756   0.432   0.731   0.382   0.748   0.321   0.689   0.411   0.765   0.447   0.706   0.350   0.731   0.279   0.706   0.402   0.723   0.387   0.672   0.479   0.748   -   - 
 1026840   HLA-A*24:02   9   357   49   binary   0.444   0.873   0.434   0.864   0.441   0.870   0.405   0.839   0.438   0.868   0.431   0.861   0.404   0.836   0.401   0.837   0.421   0.859   0.444   0.880   0.409   0.846   0.428   0.859   -   - 
 1026840   HLA-A*24:02   9   20   12   ic50   0.209   0.667   0.296   0.729   0.275   0.708   0.400   0.771   0.209   0.635   0.229   0.646   0.046   0.500   0.381   0.781   0.368   0.760   0.200   0.656   0.450   0.802   0.390   0.792   -   - 
 1026840   HLA-A*30:01   9   349   8   binary   0.160   0.809   0.157   0.802   0.170   0.828   0.151   0.791   0.141   0.771   0.169   0.825   0.108   0.708   0.147   0.824   0.122   0.786   0.152   0.816   0.127   0.765   0.214   0.912   -   - 
 1026840   HLA-A*30:02   9   360   109   binary   0.425   0.767   0.447   0.781   0.450   0.783   0.361   0.728   0.403   0.753   0.396   0.749   0.249   0.661   0.346   0.718   0.399   0.753   0.435   0.775   0.403   0.756   0.518   0.826   -   - 
 1026840   HLA-A*30:02   9   56   35   ic50   0.011   0.483   -0.019   0.494   -0.009   0.497   0.121   0.569   0.134   0.601   0.030   0.536   0.269   0.661   0.075   0.550   0.078   0.567   0.045   0.529   -0.101   0.419   0.581   0.792   -   - 
 1026840   HLA-A*30:02   9   56   14   t1/2   0.053   0.503   0.033   0.485   0.048   0.502   0.065   0.502   0.185   0.554   0.075   0.485   0.152   0.523   0.118   0.532   0.070   0.486   0.091   0.504   -0.013   0.467   0.189   0.571   -   - 
 1026840   HLA-A*68:01   9   436   43   binary   0.385   0.873   0.368   0.856   0.365   0.853   0.374   0.863   0.383   0.871   0.399   0.886   0.336   0.791   0.390   0.878   0.388   0.883   0.387   0.884   0.396   0.889   0.390   0.877   -   - 
 1026840   HLA-A*68:01   9   35   13   ic50   0.631   0.843   0.601   0.843   0.606   0.846   0.625   0.794   0.651   0.843   0.680   0.850   0.526   0.774   0.634   0.832   0.657   0.823   0.646   0.850   0.637   0.857   0.708   0.871   -   - 
 1026840   HLA-A*68:01   9   35   19   t1/2   -0.316   0.322   -0.199   0.385   -0.216   0.382   -0.425   0.253   -0.407   0.266   -0.398   0.283   -0.385   0.308   -0.431   0.247   -0.422   0.265   -0.353   0.293   -0.458   0.247   -0.384   0.273   -   - 
 1026840   HLA-B*07:02   9   296   25   binary   0.375   0.889   0.373   0.887   0.379   0.893   0.387   0.903   0.385   0.899   0.382   0.897   0.366   0.880   0.388   0.902   0.377   0.908   0.381   0.910   0.364   0.888   0.402   0.917   -   - 
 1026840   HLA-B*58:01   9   437   46   binary   0.385   0.862   0.409   0.885   0.413   0.888   0.400   0.879   0.380   0.857   0.396   0.872   0.361   0.840   0.408   0.884   0.415   0.897   0.387   0.872   0.391   0.868   0.477   0.949   -   - 
 1026840   HLA-B*58:01   9   35   17   ic50   0.362   0.716   0.317   0.650   0.316   0.676   0.319   0.668   0.267   0.650   0.273   0.644   0.209   0.546   0.362   0.683   0.291   0.660   0.309   0.681   0.400   0.722   0.722   0.873   -   - 
 1026840   HLA-B*58:01   9   35   5   t1/2   0.162   0.553   0.287   0.640   0.282   0.640   0.151   0.613   0.224   0.627   0.189   0.573   0.180   0.593   0.199   0.620   0.230   0.680   0.194   0.587   0.176   0.610   0.312   0.653   -   - 
 1026840   HLA-C*07:01   9   439   31   binary   0.248   0.780   0.259   0.795   0.256   0.788   0.134   0.654   0.229   0.758   0.270   0.804   -   -   0.129   0.648   0.223   0.761   0.246   0.788   0.194   0.725   -   -   -   - 
 1026840   HLA-C*07:01   9   18   12   ic50   -0.181   0.542   0.154   0.667   0.234   0.708   -0.013   0.389   0.166   0.611   0.125   0.556   -   -   0.079   0.500   0.026   0.396   0.009   0.583   -0.427   0.319   -   -   -   - 
 1026891   HLA-A*11:01   9   22   19   binary   0.094   0.579   0.136   0.614   0.115   0.596   0.115   0.596   0.136   0.614   0.136   0.614   -0.115   0.404   0.115   0.596   0.115   0.596   0.115   0.596   0.198   0.667   0.136   0.614   -   - 
 1026891   HLA-A*24:02   9   21   16   binary   0.129   0.587   0.166   0.613   0.185   0.625   0.000   0.500   0.037   0.525   0.148   0.600   0.000   0.500   -0.018   0.488   0.019   0.538   0.055   0.538   0.176   0.625   0.074   0.550   -   - 
 1026891   HLA-B*40:01   9   20   9   binary   0.671   0.889   0.584   0.838   0.706   0.909   0.532   0.808   0.619   0.859   0.654   0.879   0.566   0.828   0.601   0.848   0.541   0.813   0.619   0.859   0.671   0.889   0.706   0.909   -   - 
 1026891   HLA-B*58:01   9   20   12   binary   0.637   0.875   0.602   0.854   0.637   0.875   0.442   0.760   0.638   0.875   0.496   0.792   0.584   0.844   0.442   0.760   0.438   0.766   0.619   0.865   0.531   0.812   0.832   0.990   -   - 
 1026891   HLA-C*03:04   9   20   11   binary   0.706   0.909   0.584   0.838   0.566   0.828   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.706   0.909   0.532   0.808   -   -   -   - 
 1026891   HLA-C*07:02   9   20   7   binary   0.245   0.648   0.445   0.769   0.373   0.725   0.391   0.736   0.409   0.747   0.445   0.769   -   -   0.300   0.681   0.409   0.747   0.318   0.692   0.264   0.659   0.355   0.714   -   - 
 1026891   HLA-C*08:01   9   20   12   binary   0.566   0.833   0.336   0.698   0.230   0.635   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.566   0.833   0.567   0.833   -   -   -   - 
 1026897   HLA-B*40:01   9   18   5   binary   0.466   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   0.562   0.862   0.466   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   0.514   0.831   0.490   0.815   0.467   0.800   0.505   0.900   0.562   0.862   -   - 
 1026897   HLA-B*40:01   10   12   2   binary   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.722   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.649   1.000   0.722   1.000   0.648   1.000   -   - 
 1026897   HLA-B*55:02   9   11   3   binary   0.645   0.917   0.775   1.000   0.775   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.645   0.917   0.616   0.896   -   -   -   - 
 1026897   HLA-B*58:01   9   25   5   binary   0.485   0.850   0.471   0.840   0.444   0.820   0.541   0.890   0.485   0.850   0.499   0.860   0.416   0.800   0.527   0.880   0.527   0.880   0.471   0.840   0.472   0.840   0.485   0.850   -   - 
 1026897   HLA-B*58:01   10   18   3   binary   0.330   0.756   0.158   0.622   0.187   0.644   0.101   0.578   0.129   0.600   0.359   0.778   0.537   0.889   0.129   0.600   0.158   0.622   0.244   0.689   0.217   0.667   0.388   0.800   -   - 
 1026941   HLA-A*02:01   9   10   6   binary   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.782   0.958   0.853   1.000   0.853   1.000   0.711   0.917   0.711   0.917   0.751   0.958   0.711   0.917   0.853   1.000   0.853   1.000   -   - 
 1026941   HLA-A*02:01   9   10   6   ic50   0.677   0.917   0.717   0.917   0.717   0.917   0.791   0.958   0.864   1.000   0.864   1.000   0.717   0.917   0.717   0.917   0.758   0.958   0.677   0.917   0.864   1.000   0.864   1.000   -   -