IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 3 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 63 63 63
ANN 4.0 61 62 61
ARB 21 21 21
IEDB Consensus 39 38 39
NetMHCcons 60 61 60
NetMHCpan 2.8 49 49 48
NetMHCpan 3.0 57 56 58
NetMHCpan 4.0 BA 66 66 67
NetMHCpan 4.0 EL 60 60 61
NetMHCpan 4.1 BA 71 71 71
NetMHCpan 4.1 EL 74 75 74
PickPocket 35 35 35
SMM 30 30 30
SMMPMBEC 33 33 33
mhcflurry 1.2.0 41 41 41

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1044508   HLA-A*01:01   9   12   5   binary   0.857   1.000   0.857   1.000   0.220   0.629   0.613   0.857   0.759   0.943   0.612   0.857   0.661   0.886   0.710   0.914   0.662   0.886   0.759   0.943   0.710   0.914   0.857   1.000   0.465   0.771   0.465   0.771   0.612   0.857 
 1044508   HLA-A*03:01   9   34   20   binary   0.384   0.725   0.372   0.718   0.347   0.704   0.375   0.725   0.408   0.739   0.378   0.721   0.347   0.704   0.451   0.764   0.451   0.764   0.493   0.789   0.451   0.764   0.067   0.543   0.335   0.696   0.305   0.679   0.341   0.700 
 1044508   HLA-A*03:01   10   25   7   binary   0.272   0.675   0.247   0.659   0.259   0.667   0.142   0.599   0.284   0.683   0.241   0.659   0.284   0.683   0.358   0.730   0.229   0.663   0.321   0.706   0.321   0.706   0.173   0.611   0.037   0.524   0.086   0.556   0.000   0.500 
 1044508   HLA-A*11:01   9   48   25   binary   0.393   0.727   0.387   0.723   0.378   0.718   0.384   0.726   0.396   0.732   0.396   0.729   0.423   0.744   0.408   0.736   0.408   0.736   0.441   0.755   0.426   0.746   0.286   0.669   0.348   0.701   0.378   0.718   0.429   0.748 
 1044508   HLA-A*11:01   10   42   15   binary   -0.008   0.496   -0.010   0.494   0.051   0.531   0.105   0.567   -0.039   0.477   -0.039   0.477   -0.023   0.486   -0.043   0.474   0.119   0.572   0.002   0.501   0.049   0.530   -0.125   0.425   0.150   0.590   0.076   0.546   0.023   0.514 
 1044508   HLA-B*07:02   9   45   33   binary   0.342   0.723   0.433   0.783   0.058   0.538   0.328   0.715   0.410   0.768   0.441   0.788   0.476   0.811   0.480   0.813   0.321   0.710   0.464   0.803   0.406   0.765   0.176   0.615   0.284   0.686   0.313   0.705   0.344   0.725 
 1044508   HLA-B*07:02   10   34   18   binary   0.366   0.712   0.523   0.802   0.258   0.649   0.348   0.701   0.390   0.734   0.384   0.722   0.466   0.769   0.487   0.781   0.357   0.707   0.511   0.795   0.408   0.736   0.318   0.684   0.144   0.583   0.180   0.604   0.372   0.715 
 1046844   HLA-A*02:01   9   34   25   binary   0.425   0.778   0.398   0.760   -0.010   0.493   0.194   0.627   0.330   0.716   0.221   0.644   0.306   0.700   0.323   0.711   0.523   0.842   0.336   0.720   0.394   0.758   0.211   0.638   0.275   0.680   0.289   0.689   0.296   0.693 
 1046844   HLA-A*02:01   10   16   11   binary   0.132   0.582   0.102   0.564   -0.278   0.327   -0.088   0.455   0.132   0.582   0.044   0.527   0.015   0.509   0.073   0.545   0.541   0.836   0.044   0.527   0.570   0.855   -0.102   0.436   -0.015   0.491   -0.132   0.418   0.161   0.600 
 1046951   HLA-B*07:02   9   13   8   binary   0.000   0.500   0.085   0.550   0.211   0.625   0.148   0.588   0.000   0.500   0.000   0.500   0.127   0.575   0.169   0.600   -0.211   0.375   0.169   0.600   -0.169   0.400   0.169   0.600   0.127   0.575   0.085   0.550   0.085   0.550 
 1046951   HLA-B*13:01   9   32   24   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.031   0.521   0.109   0.573   0.172   0.615   0.102   0.568   -0.031   0.479   0.055   0.536   0.008   0.505   -0.055   0.464   -   -   -   -   -   - 
 1046951   HLA-B*13:02   9   29   21   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.018   0.512   0.184   0.619   0.175   0.613   0.175   0.613   -0.055   0.464   0.304   0.696   0.184   0.619   0.005   0.506   -   -   -   -   -   - 
 1046951   HLA-B*15:01   9   47   41   binary   0.005   0.504   0.028   0.524   0.122   0.606   0.068   0.559   0.005   0.504   0.019   0.516   0.019   0.516   0.009   0.508   -0.094   0.419   0.038   0.533   0.014   0.512   0.002   0.502   0.075   0.565   0.071   0.561   -0.009   0.492 
 1046951   HLA-B*15:02   9   28   20   binary   0.225   0.644   0.117   0.575   0.020   0.513   0.215   0.637   0.264   0.669   0.254   0.662   0.225   0.644   0.235   0.650   0.470   0.800   0.333   0.713   0.450   0.787   0.098   0.562   0.196   0.625   0.225   0.644   0.206   0.631 
 1046951   HLA-B*35:01   9   43   31   binary   0.096   0.562   0.142   0.591   0.096   0.562   0.144   0.594   0.104   0.567   0.130   0.583   0.130   0.583   0.138   0.589   0.155   0.599   0.130   0.583   0.092   0.559   0.138   0.589   0.159   0.602   0.159   0.602   0.138   0.589 
 1046951   HLA-B*40:01   9   14   11   binary   0.453   0.818   0.540   0.879   0.194   0.636   0.453   0.818   0.411   0.788   0.497   0.848   0.410   0.788   0.410   0.788   0.367   0.758   0.367   0.758   0.151   0.606   0.367   0.758   0.367   0.758   0.324   0.727   0.453   0.818 
 1046951   HLA-B*46:01   9   31   27   binary   -0.118   0.398   -0.086   0.426   -0.011   0.491   -0.075   0.435   -0.129   0.389   -0.129   0.389   -0.086   0.426   -0.118   0.398   -0.129   0.389   -0.118   0.398   -0.140   0.380   -0.108   0.407   -0.065   0.444   -0.108   0.407   -0.086   0.426 
 1046951   HLA-B*51:01   9   11   8   binary   0.387   0.750   0.387   0.750   0.452   0.792   -0.065   0.458   0.129   0.583   0.065   0.542   0.000   0.500   0.065   0.542   0.129   0.583   0.129   0.583   0.194   0.625   0.065   0.542   0.194   0.625   0.129   0.583   0.258   0.667 
 1046951   HLA-B*58:01   9   42   32   binary   0.134   0.591   0.184   0.625   0.138   0.594   0.185   0.630   0.189   0.628   0.208   0.641   0.217   0.647   0.212   0.644   0.254   0.672   0.203   0.637   0.226   0.653   0.180   0.622   0.166   0.613   0.171   0.616   0.101   0.569 
 1046951   HLA-C*01:02   9   33   27   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.314   0.735   0.248   0.685   0.281   0.710   0.231   0.673   0.177   0.633   0.355   0.765   0.256   0.691   0.281   0.710   -   -   -   -   -   - 
 1046951   HLA-C*03:02   9   20   15   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.170   0.613   0.170   0.613   0.110   0.573   0.190   0.627   0.010   0.507   0.090   0.560   -0.070   0.453   0.330   0.720   -   -   -   -   -   - 
 1046951   HLA-C*03:04   9   14   10   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.039   0.525   0.039   0.525   0.196   0.625   0.196   0.625   0.196   0.625   0.118   0.575   0.196   0.625   0.235   0.650   -   -   -   -   -   - 
 1046951   HLA-C*04:01   9   17   14   binary   -   -   0.157   0.619   -   -   0.126   0.595   -0.032   0.476   -0.220   0.333   -0.094   0.429   -0.315   0.262   -0.126   0.405   -0.189   0.357   0.284   0.714   -0.110   0.417   0.126   0.595   0.126   0.595   -0.283   0.286 
 1046951   HLA-C*06:02   9   28   16   binary   -0.107   0.438   -0.036   0.479   -   -   -0.205   0.380   -0.027   0.484   0.000   0.500   0.107   0.562   0.134   0.578   0.268   0.656   -   -   0.214   0.625   0.018   0.510   -   -   -0.197   0.385   0.125   0.573 
 1046951   HLA-C*07:02   9   29   22   binary   0.337   0.727   0.010   0.506   -   -   0.096   0.565   0.202   0.636   0.116   0.578   0.116   0.578   0.183   0.623   0.231   0.656   0.135   0.591   0.212   0.643   0.043   0.529   0.096   0.565   0.202   0.636   0.067   0.545 
 1046951   HLA-C*08:01   9   18   16   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.170   0.344   -0.170   0.344   -0.170   0.344   -0.034   0.469   -0.102   0.406   -0.102   0.406   0.273   0.750   -0.307   0.219   -   -   -   -   -   - 
 1046951   HLA-C*14:02   9   10   7   binary   0.342   0.714   0.418   0.762   -   -   0.570   0.857   0.342   0.714   0.342   0.714   0.570   0.857   0.722   0.952   0.798   1.000   0.722   0.952   0.722   0.952   0.646   0.905   0.646   0.905   0.570   0.857   0.342   0.714