IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 65 59 71
ANN 4.0 75 71 80
ARB 56 47 66
IEDB Consensus 78 71 86
NetMHCcons 67 67 67
NetMHCpan 2.8 59 61 57
NetMHCpan 3.0 79 79 79
NetMHCpan 4.0 BA 76 79 74
NetMHCpan 4.0 EL 59 63 55
NetMHCpan 4.1 BA 73 78 69
NetMHCpan 4.1 EL 52 45 59
PickPocket 50 42 57
SMM 76 66 86
SMMPMBEC 65 57 73
mhcflurry 1.2.0 59 59 58

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1044279   HLA-A*02:01   9   20   15   t1/2   -   -   0.693   0.840   0.611   0.840   0.667   0.827   -   -   -   -   -   -   0.677   0.813   0.669   0.760   0.669   0.800   0.661   0.747   0.712   0.827   0.667   0.827   0.654   0.813   0.697   0.813 
 1044548   HLA-A*02:01   9   10   2   binary   -   -   0.696   1.000   0.696   1.000   0.698   1.000   -   -   -   -   -   -   0.696   1.000   0.696   1.000   0.696   1.000   0.696   1.000   0.696   1.000   0.696   1.000   0.696   1.000   0.696   1.000 
 1044659   HLA-A*02:01   9   14   10   binary   0.784   1.000   0.784   1.000   0.784   1.000   0.784   1.000   0.785   1.000   0.784   1.000   0.784   1.000   0.784   1.000   0.784   1.000   0.784   1.000   0.784   1.000   0.784   1.000   0.784   1.000   0.784   1.000   0.784   1.000 
 1045240   HLA-A*02:01   10   11   2   ic50   0.050   0.944   0.241   1.000   0.155   1.000   0.100   1.000   0.109   0.944   0.182   0.944   0.369   1.000   0.396   1.000   -0.064   0.722   0.333   1.000   -0.159   0.611   -0.118   0.778   0.100   1.000   0.087   1.000   0.100   0.944 
 1045240   HLA-A*02:01   10   12   9   t1/2   0.855   1.000   0.914   1.000   0.841   0.889   0.890   1.000   0.823   0.963   0.802   0.889   0.802   0.815   0.795   0.778   0.872   0.963   0.879   0.889   0.785   1.000   0.732   1.000   0.883   1.000   0.858   0.963   0.816   0.963 
 1045596   HLA-A*02:01   9   17   14   binary   0.047   0.536   0.031   0.524   0.000   0.500   0.158   0.619   0.031   0.524   0.000   0.500   0.157   0.619   0.189   0.643   0.031   0.524   0.283   0.714   0.094   0.571   -0.031   0.476   0.157   0.619   0.094   0.571   -0.063   0.452 
 1045596   HLA-A*02:01   10   11   6   binary   0.404   0.733   0.116   0.567   0.115   0.567   0.231   0.633   0.462   0.767   0.462   0.767   0.577   0.833   0.462   0.767   0.404   0.733   0.231   0.633   0.260   0.683   -0.058   0.467   0.231   0.633   0.289   0.667   0.346   0.700