IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 55 52 59
ANN 4.0 77 69 85
ARB 69 60 79
IEDB Consensus 73 73 73
NetMHCcons 65 55 75
NetMHCpan 2.8 57 55 59
NetMHCpan 3.0 63 54 73
NetMHCpan 4.0 BA 67 65 69
NetMHCpan 4.0 EL 59 58 60
NetMHCpan 4.1 BA 62 60 64
NetMHCpan 4.1 EL 44 40 48
PickPocket 68 71 66
SMM 68 69 68
SMMPMBEC 56 58 54
mhcflurry 1.2.0 64 66 62

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1043978   HLA-A*11:01   9   20   6   binary   0.587   0.869   0.681   0.929   0.681   0.929   0.587   0.869   0.635   0.946   0.643   0.905   0.662   0.917   0.606   0.881   0.587   0.869   0.587   0.869   -0.627   0.107   0.568   0.857   0.549   0.845   0.530   0.833   0.624   0.893 
 1043978   HLA-A*11:01   10   12   6   binary   0.869   1.000   0.869   1.000   0.871   1.000   0.871   1.000   0.869   1.000   0.869   1.000   0.869   1.000   0.869   1.000   0.579   0.833   0.869   1.000   -0.871   0.000   0.869   1.000   0.869   1.000   0.869   1.000   0.869   1.000 
 1043979   HLA-A*02:01   9   13   6   t1/2   0.388   0.643   0.435   0.714   0.591   0.738   0.749   0.810   0.388   0.667   0.485   0.690   0.513   0.738   0.614   0.786   0.586   0.881   0.524   0.738   0.469   0.810   0.700   0.810   0.764   0.833   0.630   0.762   0.416   0.667 
 1043979   HLA-A*02:01   10   12   3   t1/2   0.553   0.704   0.369   0.704   0.256   0.667   0.531   0.630   0.485   0.704   0.327   0.667   0.245   0.667   0.278   0.667   0.583   0.815   0.346   0.667   0.628   0.889   0.384   0.593   0.606   0.630   0.557   0.593   0.395   0.667 
 1044348   SLA-1*04:01   9   27   9   binary   -0.030   0.481   0.020   0.512   -   -   0.101   0.562   0.071   0.543   0.081   0.549   -0.081   0.451   -0.121   0.426   -0.081   0.451   -0.061   0.463   0.010   0.506   0.044   0.540   0.182   0.611   -0.040   0.475   -   - 
 1044279   HLA-A*02:01   9   20   15   t1/2   -   -   0.693   0.840   0.611   0.840   0.667   0.827   -   -   -   -   -   -   0.677   0.813   0.669   0.760   0.669   0.800   0.661   0.747   0.712   0.827   0.667   0.827   0.654   0.813   0.697   0.813 
 1044548   HLA-A*02:01   9   10   2   binary   -   -   0.696   1.000   0.696   1.000   0.698   1.000   -   -   -   -   -   -   0.696   1.000   0.696   1.000   0.696   1.000   0.696   1.000   0.696   1.000   0.696   1.000   0.696   1.000   0.696   1.000