IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 47 44 51
ANN 4.0 64 63 65
ARB 16 14 17
DeepSeqPa - - -
IEDB Consensus 49 50 48
NetMHCcons 73 67 79
NetMHCpan 2.8 72 70 73
NetMHCpan 3.0 78 72 84
NetMHCpan 4.0 83 81 86
NetMHCpan 4.1 - - -
PickPocket 31 29 32
SMM 37 36 38
SMMPMBEC 41 38 44
mhcflurry 1.2.0 55 56 55

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB DeepSeqPa IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 NetMHCpan 4.1 PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1039423   HLA-A*02:01   9   25   4   ic50   0.502   0.750   0.560   0.726   0.375   0.714   -   -   0.392   0.738   0.539   0.786   0.574   0.786   0.523   0.762   0.560   0.798   -   -   0.560   0.798   0.452   0.762   0.464   0.774   0.551   0.774 
 1039423   HLA-A*03:01   9   12   3   ic50   0.701   0.889   0.606   0.889   0.718   0.852   -   -   0.834   0.963   0.809   0.963   0.760   0.963   0.697   0.889   0.732   0.926   -   -   0.582   0.759   0.732   0.889   0.743   0.889   0.736   0.889 
 1039423   HLA-A*24:02   9   19   10   ic50   0.416   0.544   0.472   0.622   0.337   0.567   -   -   0.346   0.522   0.553   0.689   0.612   0.811   0.700   0.856   0.675   0.844   -   -   0.483   0.672   0.138   0.394   0.196   0.444   0.416   0.578 
 1039423   HLA-A*24:02   10   15   8   ic50   0.561   0.857   0.589   0.875   0.436   0.750   -   -   0.564   0.857   0.550   0.875   0.582   0.893   0.536   0.875   0.554   0.875   -   -   0.504   0.857   0.454   0.768   0.450   0.821   0.621   0.875 
 1039423   HLA-B*07:02   9   15   5   ic50   0.742   0.940   0.717   0.940   0.434   0.780   -   -   0.705   0.940   0.811   0.960   0.811   0.960   0.735   1.000   0.795   1.000   -   -   0.440   0.780   0.712   0.920   0.737   0.940   0.708   0.960 
 1039777   H-2-Db   9   10   3   ic50   0.705   1.000   0.925   1.000   0.772   0.952   -   -   0.860   1.000   0.705   1.000   0.743   1.000   0.821   1.000   0.834   1.000   -   -   0.705   0.905   0.860   1.000   0.860   1.000   0.925   1.000 
 1039777   H-2-Kb   8   14   4   ic50   0.636   0.850   0.666   0.925   0.636   0.900   -   -   0.645   0.850   0.707   0.900   0.705   0.875   0.801   0.950   -   -   -   -   0.549   0.725   0.581   0.825   0.581   0.825   0.778   0.950 
 1039777   H-2-Kb   9   10   2   ic50   0.648   0.938   0.770   1.000   0.442   0.750   -   -   0.733   0.938   0.818   1.000   0.855   1.000   0.830   1.000   0.842   1.000   -   -   0.782   1.000   0.661   0.875   0.661   0.875   0.794   0.938 
 1039793   HLA-A*02:01   9   26   17   binary   0.481   0.791   0.534   0.824   0.404   0.745   -   -   0.416   0.755   0.523   0.817   0.534   0.824   0.566   0.843   0.550   0.833   -   -   0.361   0.719   0.404   0.745   0.415   0.752   0.437   0.765 
 1039793   HLA-A*02:03   9   20   15   binary   0.542   0.860   0.531   0.853   0.110   0.573   -   -   0.421   0.780   0.551   0.867   0.531   0.853   0.551   0.867   0.601   0.900   -   -   0.471   0.813   0.431   0.787   0.431   0.787   0.411   0.773 
 1039793   HLA-A*02:06   9   17   10   binary   0.122   0.571   0.390   0.729   0.146   0.586   -   -   0.195   0.614   0.268   0.657   0.268   0.657   0.317   0.686   0.317   0.686   -   -   0.146   0.586   0.171   0.600   0.220   0.629   0.342   0.700 
 1039793   HLA-A*11:01   9   29   22   binary   0.414   0.779   0.443   0.799   0.347   0.734   -   -   0.448   0.802   0.453   0.805   0.472   0.818   0.482   0.825   0.482   0.825   -   -   0.453   0.805   0.433   0.792   0.433   0.792   0.501   0.838 
 1039793   HLA-A*24:02   10   13   7   binary   0.660   0.881   0.660   0.881   0.495   0.786   -   -   0.743   0.929   0.701   0.905   0.619   0.857   0.784   0.952   0.742   0.929   -   -   0.640   0.869   0.660   0.881   0.577   0.833   0.536   0.810 
 1039793   HLA-A*33:03   9   21   16   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.037   0.525   0.037   0.525   0.037   0.525   0.129   0.587   -   -   0.102   0.569   -   -   -   -   -   - 
 1039752   HLA-A*03:01   9   24   16   ic50   0.236   0.641   0.196   0.586   0.351   0.672   -   -   -   -   0.251   0.648   0.217   0.625   0.272   0.594   0.262   0.625   -   -   -0.056   0.500   0.083   0.395   0.085   0.406   0.222   0.539 
 1039752   HLA-B*27:05   9   25   21   ic50   0.411   0.851   0.316   0.690   0.054   0.750   -   -   0.481   0.690   0.445   0.869   0.438   0.810   0.359   0.726   0.486   0.702   -   -   0.071   0.548   0.458   0.869   0.394   0.917   0.217   0.714 
 1040276   HLA-A*02:01   9   21   14   binary   0.551   0.837   0.500   0.806   0.367   0.724   -   -   0.393   0.755   0.551   0.837   0.534   0.827   0.500   0.806   0.500   0.806   -   -   0.450   0.776   0.392   0.750   0.467   0.786   -   - 
 1040276   HLA-A*02:01   10   11   7   binary   -0.060   0.464   0.179   0.607   0.060   0.536   -   -   0.120   0.571   -0.120   0.429   -0.120   0.429   0.418   0.750   0.179   0.607   -   -   -0.299   0.321   0.000   0.500   0.000   0.500   -0.179   0.393