IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 49 49 48
NetMHCpan 3.0 56 53 59
NetMHCpan 4.0 61 58 64
SMM 64 68 61
ANN 3.4 48 44 51
ANN 4.0 51 51 52
ARB 32 31 33
SMMPMBEC 64 66 61
IEDB Consensus 64 63 65
NetMHCcons 50 51 50
PickPocket 54 53 55
mhcflurry 1.2.0 57 48 66
DeepSeqPa - - -
MultiPan - - -

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa MultiPan
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1037887   H-2-Kd   8   22   2   ic50   0.469   0.575   0.569   0.650   -   -   0.617   0.575   0.481   0.550   0.412   0.625   -   -   0.565   0.575   0.542   0.575   0.471   0.550   0.413   0.600   0.596   0.675   -   -   -   - 
 1037887   H-2-Kd   9   38   16   ic50   0.827   0.977   0.793   0.952   0.820   0.966   0.791   0.969   0.778   0.946   0.792   0.972   0.727   0.960   0.798   0.969   0.797   0.967   0.797   0.960   0.817   0.980   -   -   -   -   -   - 
 1037887   H-2-Kd   10   34   11   ic50   0.150   0.439   0.288   0.518   0.326   0.538   0.579   0.708   0.454   0.609   0.299   0.502   0.155   0.549   0.575   0.700   0.412   0.573   0.362   0.561   0.209   0.470   0.579   0.664   -   -   -   - 
 1037887   H-2-Kd   11   38   11   ic50   0.557   0.778   0.614   0.815   0.627   0.811   0.790   0.832   0.706   0.835   0.661   0.791   -   -   0.788   0.842   0.770   0.828   0.648   0.815   0.539   0.774   -   -   -   -   -   - 
 1039262   HLA-A*02:01   9   11   8   binary   0.065   0.542   0.065   0.542   0.129   0.583   0.065   0.542   0.194   0.625   0.129   0.583   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.129   0.583   -   -   -   - 
 1039262   HLA-B*08:01   9   11   2   binary   0.671   1.000   0.671   1.000   0.671   1.000   0.596   0.944   0.671   1.000   0.596   0.944   0.522   0.889   0.671   1.000   0.522   0.889   0.671   1.000   0.447   0.833   -   -   -   -   -   - 
 1039262   HLA-B*15:01   9   11   7   binary   0.299   0.679   0.418   0.750   0.478   0.786   0.478   0.786   0.418   0.750   0.418   0.750   0.478   0.786   0.598   0.857   0.538   0.821   0.299   0.679   0.539   0.821   0.478   0.786   -   -   -   - 
 1039262   HLA-B*35:01   9   14   11   binary   0.022   0.515   0.410   0.788   0.453   0.818   0.238   0.667   0.151   0.606   0.194   0.636   0.497   0.848   0.238   0.667   0.238   0.667   0.151   0.606   0.584   0.909   -   -   -   -   -   - 
 1039262   HLA-B*39:01   9   10   4   binary   0.853   1.000   0.853   1.000   0.853   1.000   0.569   0.833   0.213   0.625   0.284   0.667   0.071   0.542   0.569   0.833   0.497   0.792   0.569   0.833   0.711   0.917   -   -   -   -   -   - 
 1039262   HLA-B*52:01   9   12   3   binary   -0.139   0.407   0.307   0.704   0.362   0.741   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.139   0.407   0.307   0.704   -   -   -   -   -   - 
 1039262   HLA-C*07:01   9   16   5   binary   0.483   0.800   0.395   0.745   0.219   0.636   0.483   0.800   0.219   0.636   0.453   0.782   -   -   0.190   0.618   0.483   0.800   0.424   0.764   0.687   0.927   -   -   -   -   -   - 
 1039330   HLA-A*02:01   9   28   2   binary   0.343   0.885   0.343   0.885   0.378   0.923   0.258   0.788   0.378   0.923   0.378   0.923   0.309   0.846   0.275   0.808   0.275   0.808   0.378   0.923   0.206   0.731   -   -   -   -   -   - 
 1038983   HLA-A*02:01   9   19   2   ic50   -   -   0.516   0.882   0.463   0.912   0.495   0.853   0.464   0.838   0.467   0.824   0.528   0.794   0.495   0.824   0.386   0.853   -   -   -   -   0.398   0.853   -   -   -   - 
 1038983   HLA-A*03:01   9   14   4   ic50   -   -   0.670   0.850   0.640   0.825   0.692   0.825   0.741   0.900   0.767   0.950   0.521   0.800   0.670   0.825   0.745   0.900   -   -   -   -   0.644   0.875   -   -   -   - 
 1038983   HLA-A*03:01   10   13   3   ic50   -   -   0.707   0.933   0.707   0.933   0.779   0.900   0.746   1.000   0.751   0.933   0.531   0.900   0.748   0.900   0.779   0.933   -   -   -   -   -   -   -   -   -   - 
 1038983   HLA-A*24:02   9   16   3   ic50   -   -   0.347   0.692   0.326   0.667   0.421   0.718   0.274   0.692   0.400   0.769   0.371   0.769   0.388   0.718   0.435   0.744   -   -   -   -   -   -   -   -   -   - 
 1038983   HLA-B*07:02   9   15   4   ic50   -   -   0.368   0.659   0.311   0.636   0.500   0.523   0.399   0.534   0.361   0.523   -0.275   0.250   0.414   0.523   0.413   0.534   -   -   -   -   0.214   0.500   -   -   -   - 
 1039280   HLA-A*02:01   9   41   23   binary   -   -   0.615   0.857   0.582   0.838   0.619   0.860   0.509   0.796   0.498   0.790   0.386   0.725   0.623   0.862   0.622   0.861   -   -   -   -   0.528   0.807   -   -   -   -