IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 51 48 55
ANN 4.0 51 51 51
ARB 34 32 36
DeepSeqPa - - -
IEDB Consensus 63 63 64
NetMHCcons 48 45 51
NetMHCpan 2.8 47 49 46
NetMHCpan 3.0 56 54 59
NetMHCpan 4.0 62 60 63
NetMHCpan 4.1 - - -
PickPocket 54 54 54
SMM 64 67 62
SMMPMBEC 64 66 62
mhcflurry 1.2.0 56 43 70

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB DeepSeqPa IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 NetMHCpan 4.1 PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1037887   H-2-Kd   8   22   2   ic50   0.481   0.550   0.412   0.625   -   -   -   -   0.542   0.575   0.471   0.550   0.469   0.575   0.569   0.650   -   -   -   -   0.413   0.600   0.617   0.575   0.565   0.575   0.596   0.675 
 1037887   H-2-Kd   9   38   16   ic50   0.778   0.946   0.792   0.972   0.727   0.960   -   -   0.797   0.967   0.797   0.960   0.827   0.977   0.793   0.952   0.820   0.966   -   -   0.817   0.980   0.791   0.969   0.798   0.969   -   - 
 1037887   H-2-Kd   10   34   11   ic50   0.454   0.609   0.299   0.502   0.155   0.549   -   -   0.412   0.573   0.362   0.561   0.150   0.439   0.288   0.518   0.326   0.538   -   -   0.209   0.470   0.579   0.708   0.575   0.700   0.579   0.664 
 1037887   H-2-Kd   11   38   11   ic50   0.706   0.835   0.661   0.791   -   -   -   -   0.770   0.828   0.648   0.815   0.557   0.778   0.614   0.815   0.627   0.811   -   -   0.539   0.774   0.790   0.832   0.788   0.842   -   - 
 1039262   HLA-A*02:01   9   11   8   binary   0.194   0.625   0.129   0.583   0.065   0.542   -   -   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.129   0.583   -   -   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.129   0.583 
 1039262   HLA-B*08:01   9   11   2   binary   0.671   1.000   0.596   0.944   0.522   0.889   -   -   0.522   0.889   0.671   1.000   0.671   1.000   0.671   1.000   0.671   1.000   -   -   0.447   0.833   0.596   0.944   0.671   1.000   -   - 
 1039262   HLA-B*15:01   9   11   7   binary   0.418   0.750   0.418   0.750   0.478   0.786   -   -   0.538   0.821   0.299   0.679   0.299   0.679   0.418   0.750   0.478   0.786   -   -   0.539   0.821   0.478   0.786   0.598   0.857   0.478   0.786 
 1039262   HLA-B*35:01   9   14   11   binary   0.151   0.606   0.194   0.636   0.497   0.848   -   -   0.238   0.667   0.151   0.606   0.022   0.515   0.410   0.788   0.453   0.818   -   -   0.584   0.909   0.238   0.667   0.238   0.667   -   - 
 1039262   HLA-B*39:01   9   10   4   binary   0.213   0.625   0.284   0.667   0.071   0.542   -   -   0.497   0.792   0.569   0.833   0.853   1.000   0.853   1.000   0.853   1.000   -   -   0.711   0.917   0.569   0.833   0.569   0.833   -   - 
 1039262   HLA-B*52:01   9   12   3   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.139   0.407   -0.139   0.407   0.307   0.704   0.362   0.741   -   -   0.307   0.704   -   -   -   -   -   - 
 1039262   HLA-C*07:01   9   16   5   binary   0.219   0.636   0.453   0.782   -   -   -   -   0.483   0.800   0.424   0.764   0.483   0.800   0.395   0.745   0.219   0.636   -   -   0.687   0.927   0.483   0.800   0.190   0.618   -   - 
 1039330   HLA-A*02:01   9   28   2   binary   0.378   0.923   0.378   0.923   0.309   0.846   -   -   0.275   0.808   0.378   0.923   0.343   0.885   0.343   0.885   0.378   0.923   -   -   0.206   0.731   0.258   0.788   0.275   0.808   -   - 
 1038983   HLA-A*02:01   9   19   2   ic50   0.464   0.838   0.467   0.824   0.528   0.794   -   -   0.386   0.853   0.433   0.794   0.419   0.794   0.516   0.882   0.463   0.912   -   -   0.505   0.794   0.495   0.853   0.495   0.824   0.398   0.853 
 1038983   HLA-A*03:01   9   14   4   ic50   0.741   0.900   0.767   0.950   0.521   0.800   -   -   0.745   0.900   0.723   0.900   0.723   0.850   0.670   0.850   0.640   0.825   -   -   0.323   0.650   0.692   0.825   0.670   0.825   0.644   0.875 
 1038983   HLA-A*03:01   10   13   3   ic50   0.746   1.000   0.751   0.933   0.531   0.900   -   -   0.779   0.933   0.729   1.000   0.735   1.000   0.707   0.933   0.707   0.933   -   -   0.730   1.000   0.779   0.900   0.748   0.900   0.726   1.000 
 1038983   HLA-A*24:02   9   16   3   ic50   0.274   0.692   0.400   0.769   0.371   0.769   -   -   0.435   0.744   0.318   0.692   0.406   0.667   0.347   0.692   0.326   0.667   -   -   0.462   0.744   0.421   0.718   0.388   0.718   0.335   0.692 
 1038983   HLA-B*07:02   9   15   4   ic50   0.399   0.534   0.361   0.523   -0.275   0.250   -   -   0.413   0.534   0.311   0.477   0.350   0.545   0.368   0.659   0.311   0.636   -   -   0.280   0.545   0.500   0.523   0.414   0.523   0.214   0.500 
 1039280   HLA-A*02:01   9   41   23   binary   0.509   0.796   0.498   0.790   0.386   0.725   -   -   0.622   0.861   0.503   0.792   0.507   0.795   0.615   0.857   0.582   0.838   -   -   0.573   0.833   0.619   0.860   0.623   0.862   0.528   0.807