IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 10 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 74 73 74
ANN 4.0 64 61 66
ARB 49 45 52
IEDB Consensus 60 60 60
NetMHCcons 73 69 77
NetMHCpan 2.8 62 61 63
NetMHCpan 3.0 71 67 75
NetMHCpan 4.0 BA 74 67 81
NetMHCpan 4.0 EL 53 50 55
NetMHCpan 4.1 BA 76 72 79
NetMHCpan 4.1 EL 36 32 40
PickPocket 39 39 38
SMM 54 54 53
SMMPMBEC 60 63 58
mhcflurry 1.2.0 57 57 57

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1037766   HLA-A*02:01   9   82   70   binary   0.462   0.877   0.462   0.877   0.340   0.777   0.451   0.868   0.478   0.890   0.480   0.892   0.504   0.912   0.507   0.914   0.429   0.850   0.497   0.906   0.423   0.845   0.448   0.866   0.440   0.860   0.435   0.855   0.477   0.889 
 1037812   HLA-A*11:01   9   22   9   ic50   0.913   0.974   0.896   0.974   0.875   0.923   0.907   0.974   0.891   0.974   0.891   0.974   0.898   0.983   0.892   0.983   0.788   0.906   0.893   0.983   -0.018   0.538   0.777   0.893   0.936   0.974   0.924   0.974   0.907   0.974 
 1037485   H-2-Db   9   12   2   binary   0.648   1.000   0.648   1.000   0.771   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.583   0.950   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.583   0.950   0.552   0.950   0.648   1.000   0.518   0.900 
 1037485   H-2-Kb   8   11   6   binary   0.866   1.000   0.866   1.000   0.866   1.000   0.866   1.000   0.866   1.000   0.808   0.967   0.866   1.000   0.866   1.000   0.866   1.000   0.866   1.000   0.520   0.800   0.404   0.733   0.866   1.000   0.866   1.000   0.866   1.000 
 1037485   H-2-Kb   9   12   8   binary   0.512   0.812   0.256   0.656   0.512   0.812   0.410   0.750   0.410   0.750   0.410   0.750   0.154   0.594   0.205   0.625   0.205   0.625   0.102   0.562   0.461   0.781   0.512   0.812   0.512   0.812   0.512   0.812   0.358   0.719 
 1037971   HLA-B*15:01   9   12   4   ic50   0.552   0.812   0.636   0.875   0.378   0.719   0.476   0.781   0.657   0.875   0.720   0.938   0.692   0.906   0.685   0.906   0.734   0.969   0.685   0.875   0.643   0.906   0.671   0.875   0.490   0.750   0.490   0.750   0.643   0.875 
 1037895   HLA-A*02:01   9   12   8   ic50   0.692   0.750   0.643   0.656   0.643   0.719   0.677   0.703   0.664   0.719   0.692   0.719   0.497   0.656   0.587   0.719   0.182   0.500   0.692   0.719   0.126   0.469   0.503   0.562   0.657   0.688   0.699   0.688   0.790   0.781 
 1037895   HLA-A*02:01   10   11   6   ic50   0.555   0.700   0.573   0.700   0.536   0.767   0.424   0.600   0.636   0.733   0.691   0.733   0.700   0.833   0.573   0.767   0.445   0.700   0.664   0.800   0.409   0.700   0.296   0.550   0.355   0.567   0.355   0.567   0.491   0.600 
 1038020   HLA-A*02:01   9   14   6   t1/2   -0.200   0.396   -0.215   0.396   -0.163   0.458   -0.303   0.354   -0.203   0.375   -0.123   0.417   -0.010   0.479   -0.010   0.479   -0.128   0.375   -0.075   0.438   -0.195   0.312   -0.183   0.417   -0.295   0.354   -0.230   0.396   -0.198   0.417 
 1038478   HLA-A*02:01   9   25   12   binary   0.856   0.994   0.855   0.994   0.811   0.968   0.825   0.974   0.855   0.994   0.844   0.987   0.855   0.994   0.855   0.994   0.855   0.994   0.855   0.994   0.727   0.920   0.827   0.978   0.822   0.974   0.822   0.974   0.833   0.981 
 1038307   HLA-A*02:01   9   10   6   binary   0.711   0.917   0.711   0.917   0.569   0.833   0.711   0.917   0.711   0.917   0.782   0.958   0.711   0.917   0.782   0.958   0.782   0.958   0.782   0.958   0.853   1.000   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.782   0.958 
 1038759   H-2-Kb   9   12   9   binary   -0.084   0.444   -0.028   0.481   0.084   0.556   0.363   0.741   0.028   0.519   -0.084   0.444   -0.084   0.444   -0.139   0.407   -0.362   0.259   -0.084   0.444   -0.307   0.296   0.195   0.630   0.362   0.741   0.084   0.556   -0.307   0.296 
 1038493   SLA-1*13:01   9   46   39   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.451   0.141   -0.490   0.106   -0.417   0.165   -0.440   0.147   -0.458   0.132   -0.476   0.117   -0.390   0.187   -0.171   0.363   -   -   -   -   -   -