IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 51 49 53
NetMHCpan 3.0 57 52 62
NetMHCpan 4.0 49 36 62
SMM 63 64 62
ANN 3.4 76 75 77
ANN 4.0 58 57 58
ARB 74 68 80
SMMPMBEC 79 83 76
IEDB Consensus 74 74 73
NetMHCcons 68 63 73
PickPocket 20 21 19
mhcflurry 1.2.0 59 60 57
DeepSeqPa 58 50 67

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1037812   HLA-A*11:01   9   22   9   ic50   0.891   0.974   0.898   0.983   0.892   0.983   0.936   0.974   0.913   0.974   0.896   0.974   0.875   0.923   0.924   0.974   0.907   0.974   0.891   0.974   0.777   0.893   0.907   0.974   0.897   0.957 
 1037485   H-2-Db   9   12   2   binary   0.583   0.950   0.648   1.000   0.648   1.000   0.552   0.950   0.648   1.000   0.648   1.000   0.771   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.583   0.950   0.518   0.900   -   - 
 1037485   H-2-Kb   8   11   6   binary   0.808   0.967   0.866   1.000   -   -   0.866   1.000   0.866   1.000   0.866   1.000   0.866   1.000   0.866   1.000   0.866   1.000   0.866   1.000   0.404   0.733   -   -   -   - 
 1037485   H-2-Kb   9   12   8   binary   0.410   0.750   0.154   0.594   0.205   0.625   0.512   0.812   0.512   0.812   0.256   0.656   0.512   0.812   0.512   0.812   0.410   0.750   0.410   0.750   0.512   0.812   0.358   0.719   -   - 
 1037895   HLA-A*02:01   9   12   8   ic50   0.692   0.719   0.497   0.656   0.587   0.719   0.657   0.688   0.692   0.750   0.643   0.656   0.643   0.719   0.699   0.688   0.677   0.703   0.664   0.719   0.503   0.562   0.790   0.781   0.636   0.781 
 1037895   HLA-A*02:01   10   11   6   ic50   0.691   0.733   0.700   0.833   0.573   0.767   0.355   0.567   0.555   0.700   0.573   0.700   0.536   0.767   0.355   0.567   -   -   0.636   0.733   0.296   0.550   -   -   -   - 
 1038020   HLA-A*02:01   9   14   6   t1/2   -0.123   0.417   -0.010   0.479   -0.010   0.479   -0.295   0.354   -0.200   0.396   -0.215   0.396   -0.163   0.458   -0.230   0.396   -0.303   0.354   -0.203   0.375   -0.183   0.417   -   -   -0.125   0.396 
 1038178   HLA-A*24:02   9   779   777   binary   0.081   0.965   0.078   0.945   0.069   0.896   0.082   0.970   0.078   0.945   0.081   0.961   0.085   0.986   0.085   0.985   0.082   0.966   0.080   0.958   0.074   0.924   0.116   0.974   0.085   0.984