IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 80 79 80
ANN 4.0 62 60 63
ARB 60 55 66
DeepSeqPa - - -
IEDB Consensus 66 67 65
NetMHCcons 72 65 80
NetMHCpan 2.8 55 52 58
NetMHCpan 3.0 65 60 69
NetMHCpan 4.0 62 52 72
NetMHCpan 4.1 - - -
PickPocket 28 27 29
SMM 56 56 56
SMMPMBEC 65 65 64
mhcflurry 1.2.0 52 51 53

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB DeepSeqPa IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 NetMHCpan 4.1 PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1037480   HLA-E*01:01   9   142   56   binary   0.525   0.810   0.520   0.807   -   -   -   -   0.464   0.775   0.576   0.841   0.622   0.867   0.600   0.854   0.600   0.854   -   -   0.370   0.720   0.441   0.761   0.447   0.764   -   - 
 1037480   HLA-E*01:01   9   11   4   ic50   0.717   1.000   0.658   1.000   -   -   -   -   -   -   0.581   1.000   0.461   0.964   0.553   0.964   0.575   0.964   -   -   0.658   1.000   0.690   1.000   0.603   1.000   -   - 
 1037766   HLA-A*02:01   9   82   70   binary   0.462   0.877   0.462   0.877   0.340   0.777   -   -   0.451   0.868   0.478   0.890   0.480   0.892   0.504   0.912   0.507   0.914   -   -   0.448   0.866   0.440   0.860   0.435   0.855   -   - 
 1037812   HLA-A*11:01   9   22   9   ic50   0.913   0.974   0.896   0.974   0.875   0.923   -   -   0.907   0.974   0.891   0.974   0.891   0.974   0.898   0.983   0.892   0.983   -   -   0.777   0.893   0.936   0.974   0.924   0.974   0.907   0.974 
 1037485   H-2-Db   9   12   2   binary   0.648   1.000   0.648   1.000   0.771   1.000   -   -   0.648   1.000   0.648   1.000   0.583   0.950   0.648   1.000   0.648   1.000   -   -   0.583   0.950   0.552   0.950   0.648   1.000   0.518   0.900 
 1037485   H-2-Kb   8   11   6   binary   0.866   1.000   0.866   1.000   0.866   1.000   -   -   0.866   1.000   0.866   1.000   0.808   0.967   0.866   1.000   -   -   -   -   0.404   0.733   0.866   1.000   0.866   1.000   -   - 
 1037485   H-2-Kb   9   12   8   binary   0.512   0.812   0.256   0.656   0.512   0.812   -   -   0.410   0.750   0.410   0.750   0.410   0.750   0.154   0.594   0.205   0.625   -   -   0.512   0.812   0.512   0.812   0.512   0.812   0.358   0.719 
 1037895   HLA-A*02:01   9   12   8   ic50   0.692   0.750   0.643   0.656   0.643   0.719   -   -   0.677   0.703   0.664   0.719   0.692   0.719   0.497   0.656   0.587   0.719   -   -   0.503   0.562   0.657   0.688   0.699   0.688   0.790   0.781 
 1037895   HLA-A*02:01   10   11   6   ic50   0.555   0.700   0.573   0.700   0.536   0.767   -   -   -   -   0.636   0.733   0.691   0.733   0.700   0.833   0.573   0.767   -   -   0.296   0.550   0.355   0.567   0.355   0.567   -   -