IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 84 83 85
ANN 4.0 67 62 73
ARB 62 62 62
DeepSeqPa - - -
IEDB Consensus 68 67 69
NetMHCcons 73 64 82
NetMHCpan 2.8 49 43 55
NetMHCpan 3.0 68 63 72
NetMHCpan 4.0 62 56 69
NetMHCpan 4.1 - - -
PickPocket 36 34 38
SMM 63 62 64
SMMPMBEC 71 68 75
mhcflurry 1.2.0 35 34 37

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB DeepSeqPa IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 NetMHCpan 4.1 PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1037762   HLA-E*01:01   9   69   43   binary   0.059   0.535   0.059   0.535   -   -   -   -   0.038   0.523   0.078   0.547   0.146   0.587   0.089   0.553   0.071   0.542   -   -   -0.052   0.471   0.013   0.509   -0.081   0.452   -   - 
 1037480   HLA-E*01:01   9   142   56   binary   0.525   0.810   0.520   0.807   -   -   -   -   0.464   0.775   0.576   0.841   0.622   0.867   0.600   0.854   0.600   0.854   -   -   0.370   0.720   0.441   0.761   0.447   0.764   -   - 
 1037480   HLA-E*01:01   9   11   4   ic50   0.717   1.000   0.658   1.000   -   -   -   -   -   -   0.581   1.000   0.461   0.964   0.553   0.964   0.575   0.964   -   -   0.658   1.000   0.690   1.000   0.603   1.000   -   - 
 1037766   HLA-A*02:01   9   82   70   binary   0.462   0.877   0.462   0.877   0.340   0.777   -   -   0.451   0.868   0.478   0.890   0.480   0.892   0.504   0.912   0.507   0.914   -   -   0.448   0.866   0.440   0.860   0.435   0.855   -   - 
 1037812   HLA-A*11:01   9   22   9   ic50   0.913   0.974   0.896   0.974   0.875   0.923   -   -   0.907   0.974   0.891   0.974   0.891   0.974   0.898   0.983   0.892   0.983   -   -   0.777   0.893   0.936   0.974   0.924   0.974   0.907   0.974 
 1037485   H-2-Db   9   12   2   binary   0.648   1.000   0.648   1.000   0.771   1.000   -   -   0.648   1.000   0.648   1.000   0.583   0.950   0.648   1.000   0.648   1.000   -   -   0.583   0.950   0.552   0.950   0.648   1.000   0.518   0.900 
 1037485   H-2-Kb   8   11   6   binary   0.866   1.000   0.866   1.000   0.866   1.000   -   -   0.866   1.000   0.866   1.000   0.808   0.967   0.866   1.000   -   -   -   -   0.404   0.733   0.866   1.000   0.866   1.000   -   - 
 1037485   H-2-Kb   9   12   8   binary   0.512   0.812   0.256   0.656   0.512   0.812   -   -   0.410   0.750   0.410   0.750   0.410   0.750   0.154   0.594   0.205   0.625   -   -   0.512   0.812   0.512   0.812   0.512   0.812   0.358   0.719