IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 65 63 67
NetMHCpan 3.0 58 62 55
NetMHCpan 4.0 72 75 70
SMM 66 63 69
ANN 3.4 62 61 63
ANN 4.0 51 48 55
ARB 51 46 56
SMMPMBEC 67 64 70
IEDB Consensus 59 55 62
NetMHCcons 70 70 70
PickPocket 55 53 58
mhcflurry 1.2.0 15 13 17
DeepSeqPa 45 40 51

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1036593   HLA-A*02:01   9   14   9   binary   0.573   0.844   0.462   0.778   0.499   0.800   0.426   0.756   0.425   0.756   0.388   0.733   0.499   0.800   0.425   0.756   0.426   0.756   0.499   0.800   0.592   0.856   -0.573   0.156   0.129   0.578 
 1036593   HLA-A*03:01   10   10   7   binary   0.478   0.786   0.478   0.786   0.570   0.857   0.478   0.786   0.478   0.786   0.359   0.714   0.717   0.929   0.418   0.750   0.418   0.750   0.657   0.893   0.717   0.929   -0.538   0.179   -   - 
 1036593   HLA-A*11:01   10   11   6   binary   0.751   0.933   0.751   0.933   0.751   0.933   0.608   0.867   0.693   0.900   0.635   0.867   0.693   0.900   0.635   0.867   0.635   0.867   0.751   0.933   0.577   0.833   -0.520   0.200   -   - 
 1036593   HLA-B*07:02   9   19   9   binary   0.558   0.822   0.481   0.778   0.558   0.822   0.577   0.833   0.616   0.856   0.577   0.833   0.539   0.811   0.597   0.844   0.558   0.822   0.558   0.822   0.616   0.856   -0.462   0.233   0.404   0.733 
 1036593   HLA-B*08:01   9   12   8   binary   0.615   0.875   0.768   0.969   0.768   0.969   0.410   0.750   0.666   0.906   0.563   0.844   0.256   0.656   0.512   0.812   0.513   0.812   0.717   0.938   0.256   0.656   -   -   0.717   0.938 
 1035424   H-2-Kb   9   13   8   binary   0.296   0.675   0.127   0.575   0.254   0.650   0.507   0.800   0.423   0.750   0.338   0.700   0.254   0.650   0.592   0.850   0.571   0.838   0.338   0.700   0.127   0.575   -0.085   0.450   -   - 
 1037140   HLA-A*02:01   9   12   3   ic50   0.595   0.852   0.634   0.852   0.683   0.889   0.630   0.926   0.557   0.815   0.592   0.889   0.588   0.926   0.630   0.926   0.582   0.889   0.616   0.852   0.599   0.889   -   -   0.606   0.963 
 1037261   HLA-B*07:02   9   52   50   binary   0.200   0.800   0.187   0.780   0.193   0.790   0.267   0.900   0.200   0.800   0.233   0.850   0.033   0.550   0.267   0.900   0.258   0.885   0.187   0.780   0.167   0.750   -   -   0.120   0.680 
 1037198   HLA-A*02:01   9   18   16   binary   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.546   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.547   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000