IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 58 58 59
ANN 4.0 47 44 49
ARB 46 42 51
DeepSeqPa - - -
IEDB Consensus 53 50 57
NetMHCcons 68 69 67
NetMHCpan 2.8 63 62 63
NetMHCpan 3.0 55 61 49
NetMHCpan 4.0 70 73 67
NetMHCpan 4.1 - - -
PickPocket 51 50 52
SMM 63 61 65
SMMPMBEC 64 62 67
mhcflurry 1.2.0 0 0 0

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB DeepSeqPa IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 NetMHCpan 4.1 PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1035929   HLA-A*02:01   9   12   8   ic50   -0.228   0.406   -0.218   0.438   -   -   -   -   0.166   0.516   -0.175   0.469   -0.154   0.469   -0.175   0.406   -0.221   0.375   -   -   -0.295   0.359   0.102   0.531   0.084   0.500   -   - 
 1036593   HLA-A*02:01   9   14   9   binary   0.425   0.756   0.388   0.733   0.499   0.800   -   -   0.426   0.756   0.499   0.800   0.573   0.844   0.462   0.778   0.499   0.800   -   -   0.592   0.856   0.426   0.756   0.425   0.756   -0.573   0.156 
 1036593   HLA-A*03:01   10   10   7   binary   0.478   0.786   0.359   0.714   0.717   0.929   -   -   0.418   0.750   0.657   0.893   0.478   0.786   0.478   0.786   0.570   0.857   -   -   0.717   0.929   0.478   0.786   0.418   0.750   -0.538   0.179 
 1036593   HLA-A*11:01   10   11   6   binary   0.693   0.900   0.635   0.867   0.693   0.900   -   -   0.635   0.867   0.751   0.933   0.751   0.933   0.751   0.933   0.751   0.933   -   -   0.577   0.833   0.608   0.867   0.635   0.867   -0.520   0.200 
 1036593   HLA-B*07:02   9   19   9   binary   0.616   0.856   0.577   0.833   0.539   0.811   -   -   0.558   0.822   0.558   0.822   0.558   0.822   0.481   0.778   0.558   0.822   -   -   0.616   0.856   0.577   0.833   0.597   0.844   -0.462   0.233 
 1036593   HLA-B*08:01   9   12   8   binary   0.666   0.906   0.563   0.844   0.256   0.656   -   -   0.513   0.812   0.717   0.938   0.615   0.875   0.768   0.969   0.768   0.969   -   -   0.256   0.656   0.410   0.750   0.512   0.812   -   - 
 1035424   H-2-Kb   9   13   8   binary   0.423   0.750   0.338   0.700   0.254   0.650   -   -   0.571   0.838   0.338   0.700   0.296   0.675   0.127   0.575   0.254   0.650   -   -   0.127   0.575   0.507   0.800   0.592   0.850   -0.085   0.450 
 1037140   HLA-A*02:01   9   12   3   ic50   0.557   0.815   0.592   0.889   0.588   0.926   -   -   0.582   0.889   0.616   0.852   0.595   0.852   0.634   0.852   0.683   0.889   -   -   0.599   0.889   0.630   0.926   0.630   0.926   -   - 
 1037261   HLA-B*07:02   9   52   50   binary   0.200   0.800   0.233   0.850   0.033   0.550   -   -   0.258   0.885   0.187   0.780   0.200   0.800   0.187   0.780   0.193   0.790   -   -   0.167   0.750   0.267   0.900   0.267   0.900   -   -