IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 54 51 58
ANN 4.0 91 93 89
ARB 26 18 33
DeepSeqPa - - -
IEDB Consensus 51 49 52
NetMHCcons 59 50 69
NetMHCpan 2.8 42 42 42
NetMHCpan 3.0 70 65 74
NetMHCpan 4.0 78 74 82
NetMHCpan 4.1 - - -
PickPocket 23 18 29
SMM 39 39 38
SMMPMBEC 35 35 35
mhcflurry 1.2.0 80 85 74

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
ANN 3.4 ANN 4.0 ARB DeepSeqPa IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 NetMHCpan 4.1 PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1033071   HLA-A*02:01   9   113   41   ic50   0.803   0.873   0.822   0.876   0.787   0.850   -   -   0.809   0.868   0.808   0.874   0.809   0.873   0.816   0.876   0.812   0.876   -   -   0.776   0.852   0.802   0.866   0.804   0.866   0.821   0.872 
 1033071   HLA-A*02:01   10   77   12   ic50   0.848   0.915   0.866   0.896   0.801   0.856   -   -   0.858   0.888   0.838   0.888   0.833   0.881   0.856   0.891   0.857   0.899   -   -   0.826   0.878   0.832   0.881   0.831   0.883   0.834   0.901 
 1031072   HLA-A*02:01   9   28   23   ic50   0.841   0.983   0.887   1.000   0.847   1.000   -   -   0.828   0.991   0.837   0.991   0.802   0.983   0.852   0.991   0.875   1.000   -   -   0.799   0.974   0.862   0.991   0.861   0.991   0.888   1.000 
 1031072   HLA-A*02:01   10   16   13   ic50   0.756   0.872   0.841   0.923   0.609   0.692   -   -   0.805   0.872   0.771   0.872   0.850   0.949   0.835   0.923   0.879   0.949   -   -   0.712   0.821   0.718   0.872   0.709   0.872   0.691   0.821 
 1033576   HLA-A*02:01   9   191   13   binary   0.121   0.638   0.147   0.668   0.063   0.573   -   -   0.130   0.678   0.109   0.652   0.112   0.628   0.116   0.633   0.113   0.630   -   -   0.125   0.670   0.112   0.632   0.110   0.626   0.123   0.641 
 1031894   HLA-A*02:01   9   434   368   ic50   0.717   0.882   0.719   0.880   0.538   0.766   -   -   0.645   0.818   0.729   0.884   0.719   0.878   0.739   0.898   0.743   0.901   -   -   0.567   0.787   0.650   0.819   0.653   0.824   0.749   0.863 
 1034610   HLA-B*53:01   10   12   8   ic50   0.874   0.889   1.000   1.000   -   -   -   -   0.834   0.861   0.934   0.889   0.901   0.889   0.857   0.944   0.860   0.938   -   -   0.828   0.889   0.780   0.833   0.698   0.778   -   -