IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 58 56 60
NetMHCpan 3.0 63 63 63
NetMHCpan 4.0 70 68 72
SMM 33 32 35
ANN 3.4 62 57 67
ANN 4.0 68 74 63
ARB 13 9 17
SMMPMBEC 43 36 49
IEDB Consensus 41 41 41
NetMHCcons 60 49 71
PickPocket 39 39 40
mhcflurry 1.2.0 65 70 61

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1032559   SLA-1*0401   9   14   2   t1/2   0.788   0.833   0.647   0.750   0.815   0.833   0.382   0.667   0.609   0.833   0.614   0.667   -   -   0.560   0.875   0.382   0.667   0.659   0.833   0.607   0.875   -   - 
 1032559   SLA-2*0401   9   18   2   t1/2   0.121   0.688   -0.021   0.531   -0.057   0.469   -0.015   0.250   0.360   0.625   0.132   0.500   -   -   0.297   0.562   -0.027   0.250   0.241   0.594   0.325   0.781   -   - 
 1032559   SLA-2*0401   10   10   4   ic50   0.261   0.583   0.200   0.500   0.188   0.500   -   -   0.261   0.542   0.067   0.417   -   -   -   -   0.006   0.375   0.176   0.542   0.418   0.458   -   - 
 1033071   HLA-A*02:01   9   113   41   ic50   0.809   0.873   0.816   0.876   0.812   0.876   0.802   0.866   0.803   0.873   0.822   0.876   0.787   0.850   0.804   0.866   0.809   0.868   0.808   0.874   0.776   0.852   0.821   0.872 
 1033071   HLA-A*02:01   10   77   12   ic50   0.833   0.881   0.856   0.891   0.857   0.899   0.832   0.881   0.848   0.915   0.866   0.896   0.801   0.856   0.831   0.883   0.858   0.888   0.838   0.888   0.826   0.878   0.834   0.901 
 1031072   HLA-A*02:01   9   28   23   ic50   0.802   0.983   0.852   0.991   0.875   1.000   0.862   0.991   0.841   0.983   0.887   1.000   0.847   1.000   0.861   0.991   0.828   0.991   0.837   0.991   0.799   0.974   0.888   1.000 
 1031072   HLA-A*02:01   10   16   13   ic50   0.850   0.949   0.835   0.923   0.879   0.949   0.718   0.872   0.756   0.872   0.841   0.923   0.609   0.692   0.709   0.872   0.805   0.872   0.771   0.872   0.712   0.821   0.691   0.821 
 1033576   HLA-A*02:01   9   191   13   binary   0.112   0.628   0.116   0.633   0.113   0.630   0.112   0.632   0.121   0.638   0.147   0.668   0.063   0.573   0.110   0.626   0.130   0.678   0.109   0.652   0.125   0.670   0.123   0.641 
 1031894   HLA-A*02:01   9   434   368   ic50   0.719   0.878   0.739   0.898   0.743   0.901   0.650   0.819   0.717   0.882   0.719   0.880   0.538   0.766   0.653   0.824   0.645   0.818   0.729   0.884   0.567   0.787   0.749   0.863