IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 70 68 73
NetMHCpan 3.0 65 65 66
NetMHCpan 4.0 66 65 66
SMM 38 34 43
ANN 3.4 73 67 79
ANN 4.0 57 58 56
ARB 13 9 17
SMMPMBEC 56 51 60
IEDB Consensus 44 45 44
NetMHCcons 71 68 74
PickPocket 51 44 58
mhcflurry 1.2.0 56 53 60

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 315312   HLA-A*31:01   9   10   4   binary   0.711   0.917   0.782   0.958   0.853   1.000   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.640   0.875   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   -   - 
 315312   HLA-A*66:01   9   16   14   binary   0.041   0.536   0.041   0.536   0.041   0.536   0.205   0.679   0.205   0.679   -0.287   0.250   -   -   0.574   1.000   0.205   0.679   0.123   0.607   0.205   0.679   -0.123   0.393 
 1031253   HLA-A*03:01   9   14   9   ic50   0.780   0.933   0.767   0.933   0.798   0.956   0.692   0.867   0.727   0.889   0.793   0.956   0.473   0.711   0.754   0.911   0.730   0.900   0.758   0.911   0.710   0.956   0.833   0.956 
 1031253   HLA-B*07:02   9   13   7   ic50   0.966   1.000   0.966   1.000   0.977   1.000   0.960   1.000   0.960   1.000   0.977   1.000   0.889   1.000   0.971   1.000   0.974   1.000   0.974   1.000   0.875   1.000   0.960   1.000 
 1031253   HLA-B*27:05   9   12   7   ic50   0.592   0.629   0.567   0.629   0.480   0.571   0.445   0.629   0.595   0.686   0.581   0.686   0.462   0.600   0.456   0.600   0.488   0.657   0.616   0.657   0.487   0.600   0.708   0.714 
 1031959   HLA-B*27:05   8   97   30   binary   -0.017   0.490   -0.022   0.486   -0.020   0.488   -0.068   0.458   -0.056   0.465   -0.035   0.478   -0.041   0.476   -0.064   0.460   -0.076   0.457   -0.041   0.479   -0.023   0.487   -0.077   0.452 
 1031959   HLA-B*27:05   9   8457   5837   binary   0.161   0.601   0.180   0.613   0.158   0.599   0.161   0.601   0.163   0.602   0.161   0.601   0.145   0.591   0.159   0.600   0.153   0.596   0.162   0.602   0.151   0.595   0.153   0.596 
 1031959   HLA-B*27:05   10   7665   5575   binary   0.188   0.622   0.190   0.623   0.190   0.623   0.187   0.621   0.196   0.627   0.181   0.617   0.142   0.592   0.197   0.627   0.189   0.622   0.192   0.625   0.172   0.611   0.188   0.622 
 1031959   HLA-B*27:05   11   5330   3999   binary   0.230   0.653   0.223   0.648   0.224   0.649   0.212   0.641   0.229   0.653   0.211   0.641   0.179   0.620   0.217   0.645   0.216   0.644   0.230   0.653   0.227   0.649   0.228   0.652 
 1032559   SLA-1*0401   9   14   2   t1/2   0.788   0.833   0.647   0.750   0.815   0.833   0.382   0.667   0.609   0.833   0.614   0.667   -   -   0.560   0.875   0.382   0.667   0.659   0.833   0.607   0.875   -   - 
 1032559   SLA-2*0401   9   18   2   t1/2   0.121   0.688   -0.021   0.531   -0.057   0.469   -0.015   0.250   0.360   0.625   0.132   0.500   -   -   0.297   0.562   -0.027   0.250   0.241   0.594   0.325   0.781   -   - 
 1032559   SLA-2*0401   10   10   4   ic50   0.261   0.583   0.200   0.500   0.188   0.500   -   -   0.261   0.542   0.067   0.417   -   -   -   -   0.006   0.375   0.176   0.542   0.418   0.458   -   - 
 1033071   HLA-A*02:01   9   113   41   ic50   0.809   0.873   0.816   0.876   0.812   0.876   0.802   0.866   0.803   0.873   0.822   0.876   0.787   0.850   0.804   0.866   0.809   0.868   0.808   0.874   0.776   0.852   0.821   0.872 
 1033071   HLA-A*02:01   10   77   12   ic50   0.833   0.881   0.856   0.891   0.857   0.899   0.832   0.881   0.848   0.915   0.866   0.896   0.801   0.856   0.831   0.883   0.858   0.888   0.838   0.888   0.826   0.878   0.834   0.901