IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 61 60 62
NetMHCpan 3.0 62 60 63
NetMHCpan 4.0 56 55 57
SMM 49 41 56
ANN 3.4 77 72 81
ANN 4.0 72 69 76
ARB 25 18 32
SMMPMBEC 71 67 75
IEDB Consensus 66 64 67
NetMHCcons 73 73 74
PickPocket 52 40 65
mhcflurry 1.2.0 74 71 77

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1027131   HLA-B*15:02   9   14   11   binary   0.713   1.000   0.713   1.000   0.713   1.000   0.583   0.909   0.713   1.000   0.713   1.000   0.716   1.000   0.713   1.000   0.670   0.970   0.713   1.000   0.713   1.000   0.713   1.000 
 1029824   HLA-A*02:01   9   77   56   binary   0.071   0.546   0.102   0.566   0.087   0.556   0.101   0.565   0.112   0.573   0.119   0.577   0.037   0.524   0.102   0.566   0.125   0.581   0.091   0.560   0.083   0.554   0.172   0.611 
 1029957   HLA-B*38:01   9   27   11   ic50   0.801   0.960   0.808   0.955   0.794   0.966   0.836   0.989   0.842   1.000   0.819   0.977   0.098   0.653   0.839   0.994   0.839   0.983   0.841   1.000   0.784   0.966   0.798   0.949 
 1029957   HLA-B*39:06   9   33   21   ic50   0.590   0.806   0.554   0.790   0.396   0.710   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.590   0.806   0.542   0.750   0.793   0.925 
 315312   HLA-A*31:01   9   10   4   binary   0.711   0.917   0.782   0.958   0.853   1.000   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.640   0.875   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   -   - 
 315312   HLA-A*66:01   9   16   14   binary   0.041   0.536   0.041   0.536   0.041   0.536   0.205   0.679   0.205   0.679   -0.287   0.250   -   -   0.574   1.000   0.205   0.679   0.123   0.607   0.205   0.679   -0.123   0.393 
 1031253   HLA-A*03:01   9   14   9   ic50   0.780   0.933   0.767   0.933   0.798   0.956   0.692   0.867   0.727   0.889   0.793   0.956   0.473   0.711   0.754   0.911   0.730   0.900   0.758   0.911   0.710   0.956   0.833   0.956 
 1031253   HLA-B*07:02   9   13   7   ic50   0.966   1.000   0.966   1.000   0.977   1.000   0.960   1.000   0.960   1.000   0.977   1.000   0.889   1.000   0.971   1.000   0.974   1.000   0.974   1.000   0.875   1.000   0.960   1.000 
 1031253   HLA-B*27:05   9   12   7   ic50   0.592   0.629   0.567   0.629   0.480   0.571   0.445   0.629   0.595   0.686   0.581   0.686   0.462   0.600   0.456   0.600   0.488   0.657   0.616   0.657   0.487   0.600   0.708   0.714