IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 72 67 78
NetMHCpan 3.0 83 77 89
NetMHCpan 4.0 70 62 78
SMM 51 47 55
ANN 3.4 77 80 75
ANN 4.0 76 71 82
ARB 55 51 60
SMMPMBEC 81 73 89
IEDB Consensus 55 56 53
NetMHCcons 68 64 72
PickPocket 53 46 59
mhcflurry 1.2.0 88 85 92

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1028928   HLA-A*02:01   9   13   11   binary   0.570   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.571   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.575   0.955   0.570   0.955   0.542   0.955   0.570   0.955 
 1028928   HLA-B*07:02   9   12   10   binary   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.652   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.663   1.000   0.648   1.000   0.649   1.000   0.648   1.000 
 315209   HLA-C*03:04   9   14   9   t1/2   0.781   0.911   0.876   1.000   0.858   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.781   0.911   0.722   0.867   -   - 
 1029061   HLA-B*57:01   9   26   4   ic50   0.612   0.943   0.600   0.955   0.568   0.920   0.615   0.909   0.617   0.875   0.559   0.830   0.156   0.568   0.564   0.886   0.581   0.875   0.574   0.886   0.671   0.909   0.657   0.920 
 1029125   HLA-B*27:04   9   21   14   binary   0.717   0.939   0.801   0.990   0.801   0.990   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.717   0.939   0.534   0.827   0.734   0.949 
 1029125   HLA-B*27:05   9   21   14   binary   0.751   0.959   0.734   0.949   0.717   0.939   0.667   0.908   0.717   0.939   0.751   0.959   0.617   0.878   0.751   0.959   0.676   0.913   0.751   0.959   0.668   0.913   0.751   0.959 
 1029125   HLA-B*27:06   9   21   13   binary   0.421   0.750   0.453   0.769   0.389   0.731   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.421   0.750   0.502   0.798   0.615   0.865 
 1027131   HLA-B*15:02   9   14   11   binary   0.713   1.000   0.713   1.000   0.713   1.000   0.583   0.909   0.713   1.000   0.713   1.000   0.716   1.000   0.713   1.000   0.670   0.970   0.713   1.000   0.713   1.000   0.713   1.000