IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 65 67 62
ANN 4.0 58 58 59
ARB 29 24 34
DeepSeqPa - - -
IEDB Consensus 48 41 55
NetMHCcons 69 68 70
NetMHCpan 2.8 53 52 54
NetMHCpan 3.0 63 65 61
NetMHCpan 4.0 64 63 65
NetMHCpan 4.1 - - -
PickPocket 32 23 41
SMM 51 49 54
SMMPMBEC 46 48 44
mhcflurry 1.2.0 92 93 91

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB DeepSeqPa IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 NetMHCpan 4.1 PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1028554   HLA-A*02:01   9   44   7   ic50   0.620   0.828   0.598   0.811   0.507   0.761   -   -   0.505   0.855   0.688   0.888   0.696   0.888   0.708   0.876   0.721   0.876   -   -   0.506   0.880   0.581   0.898   0.547   0.861   0.631   0.907 
 1028554   HLA-B*07:02   9   52   6   ic50   0.698   0.884   0.670   0.833   0.654   0.757   -   -   0.594   0.862   0.729   0.862   0.617   0.772   0.627   0.790   0.658   0.804   -   -   0.704   0.743   0.661   0.851   0.704   0.855   0.862   0.924 
 1028554   HLA-B*35:01   9   56   3   ic50   0.273   0.566   0.266   0.686   0.260   0.642   -   -   0.288   0.761   0.355   0.642   0.364   0.679   0.401   0.673   0.359   0.660   -   -   0.284   0.503   0.206   0.591   0.204   0.528   0.503   0.811 
 1028554   HLA-B*44:03   9   46   3   ic50   0.559   0.651   0.651   0.736   0.249   0.558   -   -   0.557   0.907   0.546   0.643   0.457   0.612   0.598   0.636   0.558   0.581   -   -   0.427   0.643   0.466   0.752   0.549   0.760   0.773   0.690 
 1028554   HLA-B*57:01   9   53   10   ic50   0.519   0.944   0.526   0.958   0.124   0.628   -   -   0.334   0.798   0.563   0.916   0.619   0.863   0.638   0.865   0.604   0.881   -   -   0.445   0.849   0.331   0.765   0.290   0.772   0.624   0.970 
 315174   HLA-B*27:03   9   11   7   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.657   0.893   0.657   0.893   0.538   0.821   0.657   0.893   -   -   0.657   0.893   -   -   -   0.500   0.777   0.964 
 1028790   HLA-A*02:01   9   55   47   ic50   0.610   0.565   0.611   0.564   0.580   0.566   -   -   0.556   0.513   0.613   0.566   0.615   0.574   0.607   0.577   0.626   0.582   -   -   0.586   0.660   0.625   0.564   0.610   0.553   -   - 
 1028790   HLA-A*02:01   10   35   31   ic50   0.453   0.669   0.441   0.637   0.439   0.637   -   -   0.456   0.657   0.443   0.677   0.407   0.677   0.433   0.605   0.426   0.605   -   -   0.303   0.645   0.468   0.653   0.449   0.593   0.670   0.839 
 1028790   HLA-A*02:02   9   55   45   ic50   0.639   0.744   0.587   0.724   0.494   0.733   -   -   0.564   0.712   0.620   0.747   0.582   0.713   0.589   0.753   0.611   0.764   -   -   0.531   0.721   0.557   0.714   0.572   0.742   0.859   0.911 
 1028790   HLA-A*02:03   9   55   43   ic50   0.509   0.668   0.495   0.655   0.501   0.684   -   -   0.417   0.657   0.537   0.694   0.539   0.696   0.535   0.714   0.534   0.709   -   -   0.503   0.766   0.519   0.678   0.530   0.686   0.583   0.694 
 1028790   HLA-A*02:03   10   35   28   ic50   0.314   0.781   0.292   0.760   0.289   0.684   -   -   0.276   0.709   0.291   0.791   0.208   0.750   0.269   0.755   0.261   0.760   -   -   0.070   0.704   0.335   0.730   0.313   0.699   0.687   0.923 
 1028790   HLA-A*02:06   9   55   36   ic50   0.620   0.757   0.622   0.765   0.566   0.725   -   -   0.585   0.730   0.642   0.773   0.630   0.770   0.631   0.778   0.620   0.776   -   -   0.528   0.750   0.588   0.732   0.587   0.732   0.820   0.876 
 1028790   HLA-A*02:06   10   35   12   ic50   0.552   0.754   0.512   0.819   0.495   0.775   -   -   0.545   0.779   0.574   0.761   0.572   0.768   0.575   0.822   0.561   0.808   -   -   0.387   0.656   0.560   0.790   0.588   0.801   0.820   0.884 
 1028790   HLA-A*68:02   9   55   16   ic50   0.557   0.835   0.552   0.829   0.448   0.761   -   -   0.529   0.814   0.548   0.825   0.534   0.806   0.544   0.814   0.538   0.812   -   -   0.448   0.798   0.536   0.811   0.524   0.801   0.575   0.825 
 1028790   HLA-A*68:02   10   35   8   ic50   0.432   0.699   0.460   0.648   0.314   0.729   -   -   0.372   0.699   0.330   0.667   0.272   0.620   0.357   0.616   0.419   0.662   -   -   0.295   0.662   0.383   0.718   0.337   0.685   0.410   0.671 
 1028928   HLA-A*02:01   9   13   11   binary   0.571   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   -   -   0.575   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   -   -   0.542   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955 
 1028928   HLA-B*07:02   9   12   10   binary   0.652   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   -   -   0.663   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   -   -   0.649   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000 
 315209   HLA-C*03:04   9   14   9   t1/2   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.781   0.911   0.781   0.911   0.876   1.000   0.858   1.000   -   -   0.722   0.867   -   -   -   -   -   -