IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 54 54 55
NetMHCpan 3.0 62 63 62
NetMHCpan 4.0 66 65 66
SMM 52 51 52
ANN 3.4 64 66 61
ANN 4.0 58 58 58
ARB 29 23 36
SMMPMBEC 45 48 42
IEDB Consensus 45 38 52
NetMHCcons 69 68 70
PickPocket 34 23 45
mhcflurry 1.2.0 92 93 91

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1028554   HLA-A*02:01   9   44   7   ic50   0.696   0.888   0.708   0.876   0.721   0.876   0.581   0.898   0.620   0.828   0.598   0.811   0.507   0.761   0.547   0.861   0.505   0.855   0.688   0.888   0.506   0.880   0.631   0.907 
 1028554   HLA-B*07:02   9   52   6   ic50   0.617   0.772   0.627   0.790   0.658   0.804   0.661   0.851   0.698   0.884   0.670   0.833   0.654   0.757   0.704   0.855   0.594   0.862   0.729   0.862   0.704   0.743   0.862   0.924 
 1028554   HLA-B*35:01   9   56   3   ic50   0.364   0.679   0.401   0.673   0.359   0.660   0.206   0.591   0.273   0.566   0.266   0.686   0.260   0.642   0.204   0.528   0.288   0.761   0.355   0.642   0.284   0.503   0.503   0.811 
 1028554   HLA-B*44:03   9   46   3   ic50   0.457   0.612   0.598   0.636   0.558   0.581   0.466   0.752   0.559   0.651   0.651   0.736   0.249   0.558   0.549   0.760   0.557   0.907   0.546   0.643   0.427   0.643   0.773   0.690 
 1028554   HLA-B*57:01   9   53   10   ic50   0.619   0.863   0.638   0.865   0.604   0.881   0.331   0.765   0.519   0.944   0.526   0.958   0.124   0.628   0.290   0.772   0.334   0.798   0.563   0.916   0.445   0.849   0.624   0.970 
 315174   HLA-B*27:03   9   11   7   binary   0.657   0.893   0.538   0.821   0.657   0.893   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.500   -   -   0.657   0.893   0.657   0.893   0.777   0.964 
 1028790   HLA-A*02:01   9   55   47   ic50   0.615   0.574   0.607   0.577   0.626   0.582   0.625   0.564   0.610   0.565   0.611   0.564   0.580   0.566   0.610   0.553   0.556   0.513   0.613   0.566   0.586   0.660   -   - 
 1028790   HLA-A*02:01   10   35   31   ic50   0.407   0.677   0.433   0.605   0.426   0.605   0.468   0.653   0.453   0.669   0.441   0.637   0.439   0.637   0.449   0.593   0.456   0.657   0.443   0.677   0.303   0.645   0.670   0.839 
 1028790   HLA-A*02:02   9   55   45   ic50   0.582   0.713   0.589   0.753   0.611   0.764   0.557   0.714   0.639   0.744   0.587   0.724   0.494   0.733   0.572   0.742   0.564   0.712   0.620   0.747   0.531   0.721   0.859   0.911 
 1028790   HLA-A*02:03   9   55   43   ic50   0.539   0.696   0.535   0.714   0.534   0.709   0.519   0.678   0.509   0.668   0.495   0.655   0.501   0.684   0.530   0.686   0.417   0.657   0.537   0.694   0.503   0.766   0.583   0.694 
 1028790   HLA-A*02:03   10   35   28   ic50   0.208   0.750   0.269   0.755   0.261   0.760   0.335   0.730   0.314   0.781   0.292   0.760   0.289   0.684   0.313   0.699   0.276   0.709   0.291   0.791   0.070   0.704   0.687   0.923 
 1028790   HLA-A*02:06   9   55   36   ic50   0.630   0.770   0.631   0.778   0.620   0.776   0.588   0.732   0.620   0.757   0.622   0.765   0.566   0.725   0.587   0.732   0.585   0.730   0.642   0.773   0.528   0.750   0.820   0.876 
 1028790   HLA-A*02:06   10   35   12   ic50   0.572   0.768   0.575   0.822   0.561   0.808   0.560   0.790   0.552   0.754   0.512   0.819   0.495   0.775   0.588   0.801   0.545   0.779   0.574   0.761   0.387   0.656   0.820   0.884 
 1028790   HLA-A*68:02   9   55   16   ic50   0.534   0.806   0.544   0.814   0.538   0.812   0.536   0.811   0.557   0.835   0.552   0.829   0.448   0.761   0.524   0.801   0.529   0.814   0.548   0.825   0.448   0.798   0.575   0.825 
 1028790   HLA-A*68:02   10   35   8   ic50   0.272   0.620   0.357   0.616   0.419   0.662   0.383   0.718   0.432   0.699   0.460   0.648   0.314   0.729   0.337   0.685   0.372   0.699   0.330   0.667   0.295   0.662   0.410   0.671 
 1028928   HLA-A*02:01   9   13   11   binary   0.570   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.571   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.575   0.955   0.570   0.955   0.542   0.955   0.570   0.955 
 1028928   HLA-B*07:02   9   12   10   binary   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.652   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.663   1.000   0.648   1.000   0.649   1.000   0.648   1.000 
 315209   HLA-C*03:04   9   14   9   t1/2   0.781   0.911   0.876   1.000   0.858   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.781   0.911   0.722   0.867   -   -