IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 53 53 54
NetMHCpan 3.0 59 61 57
NetMHCpan 4.0 64 62 66
SMM 42 40 44
ANN 3.4 58 59 57
ANN 4.0 55 58 52
ARB 30 22 39
SMMPMBEC 33 35 32
IEDB Consensus 38 36 40
NetMHCcons 64 67 62
PickPocket 32 22 42
mhcflurry 1.2.0 82 87 78

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1028291   HLA-B*07:02   8   16   6   t1/2   0.607   0.850   0.629   0.833   0.614   0.850   0.434   0.700   0.638   0.792   0.542   0.783   -0.198   0.467   0.596   0.783   0.556   0.750   0.642   0.817   0.517   0.717   0.518   0.750 
 1028291   HLA-B*07:02   9   599   377   t1/2   0.710   0.880   0.716   0.883   0.725   0.887   0.708   0.877   0.711   0.886   0.716   0.882   0.546   0.784   0.706   0.875   0.675   0.864   0.722   0.889   0.542   0.796   0.708   0.877 
 1028291   HLA-B*07:02   10   26   16   t1/2   0.297   0.606   0.394   0.612   0.435   0.631   0.610   0.713   0.415   0.653   0.455   0.625   0.364   0.637   0.585   0.700   0.615   0.697   0.365   0.625   0.177   0.531   0.436   0.644 
 1028291   HLA-B*07:02   11   17   10   t1/2   0.436   0.729   0.545   0.800   0.543   0.829   0.168   0.614   0.339   0.700   0.484   0.800   -   -   0.178   0.514   0.262   0.686   0.405   0.729   0.431   0.700   0.406   0.757 
 1028292   HLA-B*35:01   8   10   4   t1/2   0.075   0.667   -0.069   0.458   -0.113   0.458   0.088   0.583   -0.081   0.542   -0.119   0.458   0.468   0.792   -0.381   0.375   0.119   0.583   0.000   0.583   0.638   0.917   0.500   0.792 
 1028292   HLA-B*35:01   9   650   254   t1/2   0.609   0.830   0.618   0.833   0.638   0.844   0.552   0.793   0.616   0.830   0.607   0.820   0.465   0.733   0.556   0.797   0.513   0.768   0.625   0.836   0.612   0.836   0.687   0.849 
 1028292   HLA-B*35:01   10   15   5   t1/2   0.202   0.700   0.408   0.840   0.377   0.820   0.117   0.700   0.161   0.740   0.374   0.800   -0.083   0.520   0.166   0.680   0.117   0.700   0.218   0.740   0.311   0.720   0.486   0.720 
 1028292   HLA-B*35:01   11   17   4   t1/2   0.308   0.654   -0.025   0.462   0.127   0.519   -0.280   0.577   0.035   0.462   -0.049   0.462   -   -   -0.626   0.404   -0.280   0.577   0.250   0.596   0.598   0.615   0.287   0.558 
 1028293   HLA-B*15:01   9   1070   855   t1/2   0.460   0.762   0.469   0.781   0.508   0.800   0.441   0.729   0.429   0.734   0.447   0.748   0.286   0.625   0.444   0.726   0.379   0.691   0.463   0.759   0.261   0.622   0.546   0.818 
 1028294   HLA-B*40:01   9   302   30   t1/2   0.528   0.615   0.522   0.623   0.527   0.627   0.549   0.673   0.588   0.659   0.587   0.650   0.454   0.666   0.532   0.656   0.550   0.674   0.564   0.642   0.452   0.614   0.595   0.651 
 1024516   HLA-A*02:01   9   51   45   ic50   0.666   0.633   0.649   0.626   0.667   0.630   0.691   0.641   0.673   0.639   0.674   0.633   0.658   0.648   0.677   0.630   0.615   0.572   0.672   0.633   0.591   0.659   0.753   0.711 
 1024516   HLA-A*02:01   10   32   28   ic50   0.537   0.696   0.530   0.616   0.525   0.616   0.537   0.670   0.545   0.688   0.529   0.643   0.532   0.643   0.523   0.621   0.543   0.674   0.555   0.692   0.439   0.661   0.753   0.848 
 1024516   HLA-A*02:02   9   51   44   ic50   0.599   0.721   0.601   0.776   0.623   0.789   0.552   0.687   0.653   0.739   0.601   0.718   0.511   0.756   0.566   0.727   0.563   0.680   0.632   0.747   0.504   0.700   0.862   0.925 
 1024516   HLA-A*02:03   9   51   42   ic50   0.565   0.720   0.564   0.746   0.566   0.741   0.528   0.683   0.539   0.684   0.534   0.675   0.536   0.728   0.541   0.693   0.422   0.665   0.562   0.709   0.475   0.772   0.625   0.717 
 1024516   HLA-A*02:03   10   32   25   ic50   0.308   0.760   0.360   0.771   0.357   0.771   0.310   0.720   0.378   0.794   0.399   0.777   0.361   0.731   0.303   0.703   0.304   0.720   0.376   0.806   0.162   0.714   0.725   0.920 
 1024516   HLA-A*02:06   9   51   34   ic50   0.718   0.825   0.718   0.829   0.705   0.827   0.682   0.787   0.709   0.813   0.712   0.824   0.663   0.777   0.679   0.787   0.681   0.785   0.733   0.830   0.545   0.760   0.874   0.924 
 1024516   HLA-A*02:06   10   32   10   ic50   0.605   0.850   0.583   0.882   0.567   0.864   0.576   0.841   0.568   0.823   0.501   0.877   0.534   0.850   0.592   0.850   0.574   0.850   0.596   0.836   0.463   0.764   0.822   0.909 
 1024516   HLA-A*68:02   9   51   15   ic50   0.566   0.839   0.584   0.850   0.579   0.856   0.562   0.831   0.586   0.857   0.595   0.863   0.473   0.800   0.552   0.826   0.559   0.838   0.576   0.852   0.537   0.863   0.604   0.856 
 1024516   HLA-A*68:02   10   32   6   ic50   0.275   0.705   0.414   0.763   0.471   0.808   0.413   0.821   0.467   0.814   0.515   0.776   0.374   0.782   0.361   0.808   0.424   0.827   0.355   0.763   0.310   0.776   0.482   0.821