IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 65 63 66
NetMHCpan 3.0 58 55 60
NetMHCpan 4.0 55 54 57
SMM 61 60 62
ANN 3.4 58 56 61
ANN 4.0 78 76 80
ARB 52 52 53
SMMPMBEC 59 58 60
IEDB Consensus 52 49 55
NetMHCcons 56 53 60
PickPocket 64 63 65
mhcflurry 1.2.0 90 90 91

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1026897   HLA-B*40:01   9   18   5   binary   0.466   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   0.562   0.862   0.466   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   0.514   0.831   0.490   0.815   0.467   0.800   0.505   0.900   0.562   0.862 
 1026897   HLA-B*40:01   10   12   2   binary   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.722   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.649   1.000   0.722   1.000   0.648   1.000 
 1026897   HLA-B*55:02   9   11   3   binary   0.645   0.917   0.775   1.000   0.775   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.645   0.917   0.616   0.896   -   - 
 1026897   HLA-B*58:01   9   25   5   binary   0.485   0.850   0.471   0.840   0.444   0.820   0.541   0.890   0.485   0.850   0.499   0.860   0.416   0.800   0.527   0.880   0.527   0.880   0.471   0.840   0.472   0.840   0.485   0.850 
 1026897   HLA-B*58:01   10   18   3   binary   0.330   0.756   0.158   0.622   0.187   0.644   0.101   0.578   0.129   0.600   0.359   0.778   0.537   0.889   0.129   0.600   0.158   0.622   0.244   0.689   0.217   0.667   0.388   0.800 
 1026941   HLA-A*02:01   9   10   6   ic50   0.677   0.917   0.717   0.917   0.717   0.917   0.791   0.958   0.864   1.000   0.864   1.000   0.717   0.917   0.717   0.917   0.758   0.958   0.677   0.917   0.864   1.000   0.864   1.000 
 1027079   HLA-A*02:01   9   18   13   binary   0.490   0.815   0.490   0.815   0.538   0.846   0.418   0.769   0.442   0.785   0.442   0.785   0.490   0.815   0.418   0.769   0.395   0.754   0.490   0.815   0.490   0.815   0.514   0.831 
 1027471   HLA-A*02:01   9   45   6   binary   0.433   0.868   0.398   0.838   0.398   0.838   0.418   0.855   0.408   0.846   0.428   0.863   0.408   0.846   0.418   0.855   0.408   0.846   0.420   0.910   0.432   0.863   0.468   0.897 
 1027588   HLA-A*02:01   9   19   8   binary   0.584   0.841   0.603   0.852   0.584   0.841   0.584   0.841   0.575   0.835   0.623   0.864   0.467   0.773   0.603   0.852   0.576   0.835   0.564   0.830   0.419   0.756   0.603   0.852