IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 67 65 69
NetMHCpan 3.0 53 51 55
NetMHCpan 4.0 54 52 55
SMM 50 50 51
ANN 3.4 65 63 67
ANN 4.0 72 70 74
ARB 52 52 53
SMMPMBEC 46 46 46
IEDB Consensus 48 45 51
NetMHCcons 63 60 66
PickPocket 62 61 62
mhcflurry 1.2.0 88 87 88
DeepSeqPa - - -

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1026891   HLA-A*11:01   9   22   19   binary   0.094   0.579   0.136   0.614   0.115   0.596   0.115   0.596   0.136   0.614   0.136   0.614   -0.115   0.404   0.115   0.596   0.115   0.596   0.115   0.596   0.198   0.667   0.136   0.614   -   - 
 1026891   HLA-A*24:02   9   21   16   binary   0.129   0.587   0.166   0.613   0.185   0.625   0.000   0.500   0.037   0.525   0.148   0.600   0.000   0.500   -0.018   0.488   0.019   0.538   0.055   0.538   0.176   0.625   0.074   0.550   -   - 
 1026891   HLA-B*40:01   9   20   9   binary   0.671   0.889   0.584   0.838   0.706   0.909   0.532   0.808   0.619   0.859   0.654   0.879   0.566   0.828   0.601   0.848   0.541   0.813   0.619   0.859   0.671   0.889   0.706   0.909   -   - 
 1026891   HLA-B*58:01   9   20   12   binary   0.637   0.875   0.602   0.854   0.637   0.875   0.442   0.760   0.638   0.875   0.496   0.792   0.584   0.844   0.442   0.760   0.438   0.766   0.619   0.865   0.531   0.812   0.832   0.990   -   - 
 1026891   HLA-C*03:04   9   20   11   binary   0.706   0.909   0.584   0.838   0.566   0.828   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.706   0.909   0.532   0.808   -   -   -   - 
 1026891   HLA-C*07:02   9   20   7   binary   0.245   0.648   0.445   0.769   0.373   0.725   0.391   0.736   0.409   0.747   0.445   0.769   -   -   0.300   0.681   0.409   0.747   0.318   0.692   0.264   0.659   0.355   0.714   -   - 
 1026891   HLA-C*08:01   9   20   12   binary   0.566   0.833   0.336   0.698   0.230   0.635   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.566   0.833   0.567   0.833   -   -   -   - 
 1026897   HLA-B*40:01   9   18   5   binary   0.466   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   0.562   0.862   0.466   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   0.514   0.831   0.490   0.815   0.467   0.800   0.505   0.900   0.562   0.862   -   - 
 1026897   HLA-B*40:01   10   12   2   binary   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.722   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.649   1.000   0.722   1.000   0.648   1.000   -   - 
 1026897   HLA-B*55:02   9   11   3   binary   0.645   0.917   0.775   1.000   0.775   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.645   0.917   0.616   0.896   -   -   -   - 
 1026897   HLA-B*58:01   9   25   5   binary   0.485   0.850   0.471   0.840   0.444   0.820   0.541   0.890   0.485   0.850   0.499   0.860   0.416   0.800   0.527   0.880   0.527   0.880   0.471   0.840   0.472   0.840   0.485   0.850   -   - 
 1026897   HLA-B*58:01   10   18   3   binary   0.330   0.756   0.158   0.622   0.187   0.644   0.101   0.578   0.129   0.600   0.359   0.778   0.537   0.889   0.129   0.600   0.158   0.622   0.244   0.689   0.217   0.667   0.388   0.800   -   - 
 1026941   HLA-A*02:01   9   10   6   binary   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.782   0.958   0.853   1.000   0.853   1.000   0.711   0.917   0.711   0.917   0.751   0.958   0.711   0.917   0.853   1.000   0.853   1.000   -   - 
 1026941   HLA-A*02:01   9   10   6   ic50   0.677   0.917   0.717   0.917   0.717   0.917   0.791   0.958   0.864   1.000   0.864   1.000   0.717   0.917   0.717   0.917   0.758   0.958   0.677   0.917   0.864   1.000   0.864   1.000   -   - 
 1027079   HLA-A*02:01   9   18   13   binary   0.490   0.815   0.490   0.815   0.538   0.846   0.418   0.769   0.442   0.785   0.442   0.785   0.490   0.815   0.418   0.769   0.395   0.754   0.490   0.815   0.490   0.815   0.514   0.831   -   - 
 1027471   HLA-A*02:01   9   45   6   binary   0.433   0.868   0.398   0.838   0.398   0.838   0.418   0.855   0.408   0.846   0.428   0.863   0.408   0.846   0.418   0.855   0.408   0.846   0.420   0.910   0.432   0.863   0.468   0.897   -   -