IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 63 61 65
NetMHCpan 3.0 57 56 59
NetMHCpan 4.0 57 55 58
SMM 48 48 49
ANN 3.4 65 64 66
ANN 4.0 73 72 75
ARB 45 45 45
SMMPMBEC 43 43 44
IEDB Consensus 48 45 51
NetMHCcons 61 59 64
PickPocket 66 65 67
mhcflurry 1.2.0 85 85 86

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1026891   HLA-A*11:01   9   22   19   binary   0.094   0.579   0.136   0.614   0.115   0.596   0.115   0.596   0.136   0.614   0.136   0.614   -0.115   0.404   0.115   0.596   0.115   0.596   0.115   0.596   0.198   0.667   0.136   0.614 
 1026891   HLA-A*24:02   9   21   16   binary   0.129   0.587   0.166   0.613   0.185   0.625   0.000   0.500   0.037   0.525   0.148   0.600   0.000   0.500   -0.018   0.488   0.019   0.538   0.055   0.538   0.176   0.625   0.074   0.550 
 1026891   HLA-B*40:01   9   20   9   binary   0.671   0.889   0.584   0.838   0.706   0.909   0.532   0.808   0.619   0.859   0.654   0.879   0.566   0.828   0.601   0.848   0.541   0.813   0.619   0.859   0.671   0.889   0.706   0.909 
 1026891   HLA-B*58:01   9   20   12   binary   0.637   0.875   0.602   0.854   0.637   0.875   0.442   0.760   0.638   0.875   0.496   0.792   0.584   0.844   0.442   0.760   0.438   0.766   0.619   0.865   0.531   0.812   0.832   0.990 
 1026891   HLA-C*03:04   9   20   11   binary   0.706   0.909   0.584   0.838   0.566   0.828   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.706   0.909   0.532   0.808   -   - 
 1026891   HLA-C*07:02   9   20   7   binary   0.245   0.648   0.445   0.769   0.373   0.725   0.391   0.736   0.409   0.747   0.445   0.769   -   -   0.300   0.681   0.409   0.747   0.318   0.692   0.264   0.659   0.355   0.714 
 1026891   HLA-C*08:01   9   20   12   binary   0.566   0.833   0.336   0.698   0.230   0.635   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.566   0.833   0.567   0.833   -   - 
 1026897   HLA-B*40:01   9   18   5   binary   0.466   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   0.562   0.862   0.466   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   0.514   0.831   0.490   0.815   0.467   0.800   0.505   0.900   0.562   0.862 
 1026897   HLA-B*40:01   10   12   2   binary   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.722   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.649   1.000   0.722   1.000   0.648   1.000 
 1026897   HLA-B*55:02   9   11   3   binary   0.645   0.917   0.775   1.000   0.775   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.645   0.917   0.616   0.896   -   - 
 1026897   HLA-B*58:01   9   25   5   binary   0.485   0.850   0.471   0.840   0.444   0.820   0.541   0.890   0.485   0.850   0.499   0.860   0.416   0.800   0.527   0.880   0.527   0.880   0.471   0.840   0.472   0.840   0.485   0.850 
 1026897   HLA-B*58:01   10   18   3   binary   0.330   0.756   0.158   0.622   0.187   0.644   0.101   0.578   0.129   0.600   0.359   0.778   0.537   0.889   0.129   0.600   0.158   0.622   0.244   0.689   0.217   0.667   0.388   0.800 
 1026941   HLA-A*02:01   9   10   6   ic50   0.677   0.917   0.717   0.917   0.717   0.917   0.791   0.958   0.864   1.000   0.864   1.000   0.717   0.917   0.717   0.917   0.758   0.958   0.677   0.917   0.864   1.000   0.864   1.000 
 1027079   HLA-A*02:01   9   18   13   binary   0.490   0.815   0.490   0.815   0.538   0.846   0.418   0.769   0.442   0.785   0.442   0.785   0.490   0.815   0.418   0.769   0.395   0.754   0.490   0.815   0.490   0.815   0.514   0.831 
 1027471   HLA-A*02:01   9   45   6   binary   0.433   0.868   0.398   0.838   0.398   0.838   0.418   0.855   0.408   0.846   0.428   0.863   0.408   0.846   0.418   0.855   0.408   0.846   0.420   0.910   0.432   0.863   0.468   0.897