IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 59 59 59
NetMHCpan 3.0 60 60 60
NetMHCpan 4.0 62 62 62
SMM 39 39 38
ANN 3.4 47 47 46
ANN 4.0 68 68 68
ARB 21 22 21
SMMPMBEC 39 39 39
IEDB Consensus 57 53 61
NetMHCcons 63 57 69
PickPocket 51 50 52
mhcflurry 1.2.0 85 86 84

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1026840   HLA-A*02:01   9   24   14   ic50   0.340   0.671   0.375   0.664   0.351   0.657   0.327   0.636   0.265   0.593   0.330   0.636   0.402   0.693   0.287   0.614   0.187   0.561   0.321   0.650   0.381   0.679   0.467   0.714 
 1026840   HLA-A*24:02   9   20   12   ic50   0.209   0.667   0.296   0.729   0.275   0.708   0.400   0.771   0.209   0.635   0.229   0.646   0.046   0.500   0.381   0.781   0.368   0.760   0.200   0.656   0.450   0.802   0.390   0.792 
 1026840   HLA-A*30:01   9   349   8   binary   0.160   0.809   0.157   0.802   0.170   0.828   0.151   0.791   0.141   0.771   0.169   0.825   0.108   0.708   0.147   0.824   0.122   0.786   0.152   0.816   0.127   0.765   0.214   0.912 
 1026840   HLA-A*30:02   9   56   35   ic50   0.011   0.483   -0.019   0.494   -0.009   0.497   0.121   0.569   0.134   0.601   0.030   0.536   0.269   0.661   0.075   0.550   0.078   0.567   0.045   0.529   -0.101   0.419   0.581   0.792 
 1026840   HLA-A*68:01   9   35   13   ic50   0.631   0.843   0.601   0.843   0.606   0.846   0.625   0.794   0.651   0.843   0.680   0.850   0.526   0.774   0.634   0.832   0.657   0.823   0.646   0.850   0.637   0.857   0.708   0.871 
 1026840   HLA-B*07:02   9   296   25   binary   0.375   0.889   0.373   0.887   0.379   0.893   0.387   0.903   0.385   0.899   0.382   0.897   0.366   0.880   0.388   0.902   0.377   0.908   0.381   0.910   0.364   0.888   0.402   0.917 
 1026840   HLA-B*58:01   9   35   17   ic50   0.362   0.716   0.317   0.650   0.316   0.676   0.319   0.668   0.267   0.650   0.273   0.644   0.209   0.546   0.362   0.683   0.291   0.660   0.309   0.681   0.400   0.722   0.722   0.873 
 1026840   HLA-C*07:01   9   18   12   ic50   -0.181   0.542   0.154   0.667   0.234   0.708   -0.013   0.389   0.166   0.611   0.125   0.556   -   -   0.079   0.500   0.026   0.396   0.009   0.583   -0.427   0.319   -   - 
 1026891   HLA-A*11:01   9   22   19   binary   0.094   0.579   0.136   0.614   0.115   0.596   0.115   0.596   0.136   0.614   0.136   0.614   -0.115   0.404   0.115   0.596   0.115   0.596   0.115   0.596   0.198   0.667   0.136   0.614 
 1026891   HLA-A*24:02   9   21   16   binary   0.129   0.587   0.166   0.613   0.185   0.625   0.000   0.500   0.037   0.525   0.148   0.600   0.000   0.500   -0.018   0.488   0.019   0.538   0.055   0.538   0.176   0.625   0.074   0.550 
 1026891   HLA-B*40:01   9   20   9   binary   0.671   0.889   0.584   0.838   0.706   0.909   0.532   0.808   0.619   0.859   0.654   0.879   0.566   0.828   0.601   0.848   0.541   0.813   0.619   0.859   0.671   0.889   0.706   0.909 
 1026891   HLA-B*58:01   9   20   12   binary   0.637   0.875   0.602   0.854   0.637   0.875   0.442   0.760   0.638   0.875   0.496   0.792   0.584   0.844   0.442   0.760   0.438   0.766   0.619   0.865   0.531   0.812   0.832   0.990 
 1026891   HLA-C*03:04   9   20   11   binary   0.706   0.909   0.584   0.838   0.566   0.828   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.706   0.909   0.532   0.808   -   - 
 1026891   HLA-C*07:02   9   20   7   binary   0.245   0.648   0.445   0.769   0.373   0.725   0.391   0.736   0.409   0.747   0.445   0.769   -   -   0.300   0.681   0.409   0.747   0.318   0.692   0.264   0.659   0.355   0.714 
 1026891   HLA-C*08:01   9   20   12   binary   0.566   0.833   0.336   0.698   0.230   0.635   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.566   0.833   0.567   0.833   -   - 
 1026897   HLA-B*40:01   9   18   5   binary   0.466   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   0.562   0.862   0.466   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   0.514   0.831   0.490   0.815   0.467   0.800   0.505   0.900   0.562   0.862 
 1026897   HLA-B*40:01   10   12   2   binary   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.722   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.649   1.000   0.722   1.000   0.648   1.000 
 1026897   HLA-B*55:02   9   11   3   binary   0.645   0.917   0.775   1.000   0.775   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.645   0.917   0.616   0.896   -   - 
 1026897   HLA-B*58:01   9   25   5   binary   0.485   0.850   0.471   0.840   0.444   0.820   0.541   0.890   0.485   0.850   0.499   0.860   0.416   0.800   0.527   0.880   0.527   0.880   0.471   0.840   0.472   0.840   0.485   0.850 
 1026897   HLA-B*58:01   10   18   3   binary   0.330   0.756   0.158   0.622   0.187   0.644   0.101   0.578   0.129   0.600   0.359   0.778   0.537   0.889   0.129   0.600   0.158   0.622   0.244   0.689   0.217   0.667   0.388   0.800 
 1026941   HLA-A*02:01   9   10   6   ic50   0.677   0.917   0.717   0.917   0.717   0.917   0.791   0.958   0.864   1.000   0.864   1.000   0.717   0.917   0.717   0.917   0.758   0.958   0.677   0.917   0.864   1.000   0.864   1.000 
 1027079   HLA-A*02:01   9   18   13   binary   0.490   0.815   0.490   0.815   0.538   0.846   0.418   0.769   0.442   0.785   0.442   0.785   0.490   0.815   0.418   0.769   0.395   0.754   0.490   0.815   0.490   0.815   0.514   0.831